قرار شد برای این منظور یک اداره صنایع داخل مناطق ویژه مستقر شود و یک معافیت مالیاتی ۷ساله برای فعالان اقتصادی که داخل مناطق ویژه فعالیت دارند، در نظر گرفته شد. این معافیت برای مناطق آزاد به مدت ۱۰سال در نظر گرفته شد. به مرور زمان بحث معافیت بر ارزش افزوده حذف شد و تنها معافیت مالیات بر عملکرد باقی ماند. متاسفانه تا یکسال گذشته اکثر استان‌‌‌ها این موضوع را قبول نداشتند و گفته می‌‌‌شد که در بخشنامه معافیت مالیاتی آمده که شرکت‌هایی که زیر نظر وزارتخانه هستند می‌توانند از معافیت مالیاتی استفاده کنند و مناطق ویژه به علت اینکه زیر نظر وزارتخانه نیست در نتیجه شامل معافیت نمی‌شود. با چنین قوانینی اکثر شرکت‌های فعال درمنطقه ویژه دچار مشکل بودند.

در بحث معافیت مالیاتی، شرکت‌های فعال در شهرک‌‌‌های صنعتی به مدت ۵سال معافیت مالیاتی دارند همچنین شهرک‌‌‌های صنعتی داخل مناطق محروم حدود ۱۰ تا ۱۵ سال معافیت مالیاتی دارند. به همین دلیل کار خاصی برای شرکت‌های فعال در مناطق ویژه که فعالیت صادراتی دارند، انجام نشده است.  در مبحث انرژی داخل مناطق آزاد و ویژه قیمت انرژی با خارج از آن هیچ تفاوتی ندارد کما اینکه هزینه بیشتری نیز دارد. یک شرکت که داخل شهرک صنعتی فعالیت دارد، دولت انرژی شامل برق، آب و گاز را درب شرکت به آن تحویل می‌‌‌دهد، اما طبق توافقی که با مناطق آزاد و ویژه صورت گرفته دولت انرژی شامل برق، آب و گاز را درب منطقه تحویل می‌‌‌دهد و هزینه انتقال آن تا واحدهای تولیدی با شرکت‌هاست.

در مبحث معافیت‌‌‌های صادراتی نیز چه شرکت داخل منطقه ویژه و آزاد باشد و چه نباشد در هر صورت معافیت مالیاتی در بحث صادرات دارد و این موضوع تنها مختص شرکت‌های فعال در منطقه آزاد و ویژه نیست. تنها تفاوتی که شرکت‌ها در مناطق آزاد و ویژه دارند بحث سنوات کارکنان است که به جای یک ماه مدت ۲۰ روز محاسبه می‌شود و دیگر اینکه شرکت‌های فعال در مناطق آزاد و ویژه می‌توانند از اتباع خارجی تا حدی استفاده کنند. اما پیدا کردن اتباع خارجی که مجوز کار دارند خود یک مشکل است. دوم اینکه اکثر شرکت‌های مشغول به کار در این مناطق در تامین نیروی کاری دچار مشکل هستند و باید دستمزد بیشتری برای جذب نیروی کار توسط شرکت‌ها پرداخت شود. چیزی که به مناطق آزاد و ویژه داده شده ابزاری برای صادرات نبوده است. در ۴ تا ۵ سال اخیر هجمه بسیاری روی مناطق آزاد و ویژه مبنی بر عدم‌صادرات و قاچاق وجود دارد. یکی از امتیازاتی که به مناطق آزاد و ویژه داده شده این بود که گفته شده اگر بخشی از مواد اولیه شرکت‌های فعال در این مناطق وارداتی باشد متناسب با حجم داخلی‌‌‌سازی آنها، معافیت حقوق و عوارض گمرکی به آنها تعلق خواهد گرفت. به عنوان مثال اگر یک شرکت به میزان ۱۰۰ دلار بابت مواد اولیه تولید و واردات آن هزینه کند باید حدود ۲۰ دلار بابت حقوق و عوارض گمرکی پرداخت کند. 

در کمیسیون ارزش افزوده که متشکل از نماینده دبیرخانه شورای عالی مناطق، نماینده وزارت صمت، نماینده امور گمرکی، نماینده بانک مرکزی، نماینده جهاد کشاورزی، نماینده منطقه و نماینده تولیدکننده درباره موارد ورودی، ارزش آن، مواد داخلی مصرف و ارزش آن، میزان نیاز کشور بحث و بررسی می‌شود و بعد از آن درصدی معافیت بابت حقوق و عوارض گمرکی به آن تعلق می‌گیرد. این آیتم یک آیتم صادراتی نیست که در اختیار یک شرکت قرار داده می‌شود، بلکه یک آیتم وارداتی است و به یک شرکت کمک می‌شود تا حجم واردات را افزایش دهد. اگر قصد کمک به شرکت‌ها برای رفتن به سمت داخلی‌‌‌سازی را دارند، نباید این کمک از طریق یارانه انرژی صورت گیرد، زیرا معمولا یارانه انرژی در جای خودش به مصرف نمی‌رسد و باعث افزایش مصرف انرژی به علت ارزان بودن آن می‌شود. اما زمانی که هزینه حامل‌‌‌های انرژی افزایش پیدا کرد، اما به ازای داخلی‌‌‌سازی بیشتر، یارانه بیشتری در حقوق عوارض گمرکی و... به تولیدکننده داده شود این موضوع باعث گرایش بیشتر شرکت‌ها به سمت داخلی‌سازی و کاهش مصرف منجر خواهد شد و الگوی مصرف به این شیوه اصلاح‌‌‌پذیر خواهد شد. اعطای انرژی رایگان فقط مشمول هزینه‌‌‌های مالی نیست بلکه جلوی رشد و توسعه را نیز می‌گیرد. زمانی مناطق آزاد و ویژه زیر نظر مستقیم ریاست جمهوری قرار داشت، اما اکنون زیر نظر وزارت اقتصاد قرار گرفته است.

یکی از مواردی که برای مناطق ویژه اتفاق افتاد، بحث ثبت‌سفارش‌‌‌ها بود. شرکت‌های داخلی مناطق عمدتا یا تجاری یا تولیدی هستند. یک شرکت تجاری یک کالایی را از کشور چین به عراق منتقل می‌کند. برای این منظور کالا را به کشور امارات منتقل کرده و بعد از مدتی از آنجا به مقصد مورد نظر صادر می‌‌‌کند. گفته شده بود که مناطق آزاد و ویژه برای واردات نیازی به ثبت‌سفارش ندارند. این موضوع یک فرصت برای انبارهای داخل مناطق ویژه تلقی می‌‌‌شد. بر اساس قانون گمرکی زمانی که یک کالا وارد کشور می‌شود بعد از اظهار به مدت دو ماه فرصت وجود دارد که کالا ترخیص شود. اگر بعد از دو ماه کالا ترخیص نشود، کالا متروکه تلقی می‌شود. قرار شد که کالا بدون ثبت‌سفارش وارد منطقه ویژه شود و مثابه این باشد که هنوز وارد کشور نشده و تا زمانی که مشتری صادراتی کالا پیدا نشده می‌تواند داخل منطقه ویژه بماند. این یک مزیت مناسب برای مناطق ویژه بود به همین دلیل تجار ایرانی کالاهای خود را داخل مناطق ویژه دپو می‌‌‌کردند این قانون برای شرکت‌های تولید کننده  نیز بود و این شرکت‌ها نیز ثبت‌سفارش نداشتند و در هنگام ورود به سرزمین اصلی باید ثبت‌سفارش انجام می‌‌‌شد.

بعد از سال ۱۳۹۷ با خروج آمریکا از برجام، کشور دچار کمبود ارز شد و قانون ثبت‌سفارش به جهت جلوگیری از خروج ارز برقرار شد. مشکل به صورت ریشه‌‌‌ای بررسی نشد و تنها صورت مساله پاک شد. این ممنوعیت باعث شد که مناطق آزاد و ویژه از دیوان عدالت اداری حکمی ‌‌‌بگیرند که طبق آن مناطق آزاد ثبت‌سفارش نداشته باشند، اما با این حال وزارت صمت به جای ثبت‌سفارش، ثبت آماری فقط برای شرکت‌های تولیدی قرار داد. به این صورت شرکت‌های بازرگانی به صورت رسمی ‌‌‌حذف شدند. شرکت‌های تولیدی نیز موظف شدند که ثبت آماری داشته باشند. این ثبت آماری تا یک ماه گذشته نیز فقط برای ۳۷۰۰ قلم واردات کالا برقرار بود. از یک ماه ونیم گذشته بر اثر فشارهای ارگان‌‌‌های نظارتی این قانون نیز حذف شد. بر این اساس باید منشأ ارز وارداتی مشخص شود به این صورت که یا باید واردات در قبال صادرات خود و دیگران باشد یا ارز از دولت گرفته شده باشد. در صورتی که ممکن است منشأ ارز یک شرکت از محل سرمایه‌گذار خارجی باشد که برخلاف روند جذب سرمایه‌گذار خارجی است. در حال حاضر داخل منطقه ویژه اقتصادی سلفچگان حدود ۱۶ شرکت چینی فعالیت دارند. این فشارها باعث کاهش روند جذب سرمایه‌گذار خارجی می‌شود و پارامترهایی که یک تولیدکننده می‌تواند روی آنها برنامه‌‌‌ریزی کند را از وی سلب می‌‌‌کنند.