برخلاف ادعای دستگاه حاکمیتی، فشار حداکثری شرکت راه‌آهن روی شانه بخش خصوصی سنگینی می‌کند. از جمله این موارد حاکمیتی که تاثیر جدی بر اقتصاد بخش خصوصی دارد، موضوع تعرفه است. بخش خصوصی هزینه- فایده کرده و بهای تمام‌شده واقعی را محاسبه می‌کند، اما پس از اعلام آن در قالب تعرفه پیشنهادی  به دستگاه حاکمیتی،  مجددا نرخ به صورت دستوری تعیین و اعلام می‌شود. شرکت‌های خصوصی بدون اختیار ملزم به اجرا بوده و بدیهی است این مهم از آفات مهلک سرمایه‌گذاری در این بخش از صنعت است. ناگفته نماند زمانی هم که بخش خصوصی ناچار می‌شود از شورای رقابت به عنوان دستگاه فرا‌قوه‌ای در این خصوص استمداد گرفته تا نرخ کارشناسی‌شده براساس هزینه‌ها جاری شود، باز هم شرکت راه‌آهن به تعرفه تعیین‌شده تمکین نمی‌کند.  یکی از دلایلی که شرکت راه‌آهن در این خصوص اعلام می‌دارد، بحث رقابت با جاده بوده که این دلیل بدون بررسی‌های دقیق کارشناسی قطعا سطحی و بدون پشتوانه است. موضوع دیگری که گلوی بخش خصوصی را بیش از پیش می‌فشارد و رمق باقی‌مانده را نیز می‌ستاند عدم پرداخت پولی است که راه‌آهن از مالکان واگن گرفته و سهم بخش خصوصی مالکان لکوموتیو را پرداخت نمی‌کند که این موضوع چه از لحاظ قانونی و چه از لحاظ شرعی مورد قبول بخش خصوصی نیست.

حدود ۳۰ درصد بار معدنی کشور از طریق ریل حمل می‌شود و از طرف دیگر حجم بار‌های ریل‌پسند بیش از ۵۰ درصد بارهای ریلی را تشکیل می‌دهد. شرکت‌های معدنی و فولادی از جمله شرکت‌های متمول با سود‌های کلان بوده و بهتر است سیاست جذب بار راه‌آهن به جای تمرکز بر بارهای فرعی و پراکنده بر بارهای حجیم و در مسیرهای طولانی نظیر بارهای معدنی و فولادی باشد. زیرا هزینه حمل برای این شرکت‌ها کمتر از دو تا سه درصد بهای تمام‌شده آنها را تشکیل می‌دهد و حتی افزایش دو برابری تعرفه هم برای این صنعت خللی در بهای تمام‌شده آنها ندارد. متاسفانه شرکت راه‌آهن بدون تحلیل دقیق کارشناسی صرفا در محدود کردن نرخ تعرفه لکوموتیو اصرار دارد. شاید با بررسی کارشناسانه با افزایش تعرفه مطابق نرخ مطلوب حمل، با وجود از دست رفتن بخشی از بارهای فرعی، بتوان چنین نتیجه گرفت که کاهش رسوب بار و افزایش تعرفه و باقی ماندن بارهای حجیم و طولانی باعث سودآوری بیشتر، بهبود وضعیت نقدینگی و مدیریت بهتر سیر و حرکت و بهره‌وری هرچه بیشتر در حمل بار و افزایش سرعت بازرگانی شود.

راه‌آهن امسال و به طور غیر‌رسمی ‌افزایش ۲۵ درصدی نرخ تعرفه را اعمال کرده در حالی‌که بر اساس میزان افزایش نرخ دلار و نرخ تورم رسمی ‌اعلام‌شده برخی کالاها تا ۳۰۰ درصد نیز افزایش قیمت داشته‌اند.  این میزان افزایش، همخوانی با این میزان افزایش دستوری نداشته و مشخص نیست که راه‌آهن بر چه اساسی و چگونه این افزایش را محاسبه کرده است. در همین راستا، بخش خصوصی افزایش حداقل ۶۵ درصدی تعرفه نرخ لکوموتیو را به شرکت راه‌آهن پیشنهاد داده در حالی که راه‌آهن سال گذشته ۳۵ درصد افزایش و امسال نیز به صورت غیر‌رسمی ‌۲۵ درصد قیمت را اعمال کرده است.  

شورای رقابت شرایط را از انحصاری بودن برای رقابت سالم خارج می‌کند که در نهایت نفع آن به مصرف‌کننده برسد. بخش خصوصی رقابتی با راه‌آهن ندارد، اما ظاهرا شرکت راه‌آهن احساس می‌کند که رقابتی میان بخش خصوصی و لکوموتیو دولتی وجود دارد. شورای رقابت یک ارگان فرا‌قوه‌ای است که با توجه به انواع تخصص‌ها و سازمان‌ها و وزارتخانه‌هایی که در این شوراها دارای نماینده بوده، تصمیماتی اتخاذ می‌کند که لازم‌الاجرا است تا بستر مناسب، سالم و منصفانه‌ای را برای رقابت ایجاد کند. شورای رقابت، همواره حامی ‌مصرف‌کننده بوده و البته زبان و ادبیات بخش خصوصی را می‌شناسد. مدیران عامل شرکت راه‌آهن در دوره‌های قبل، تمایلی به قبول نرخ اعلامی ‌از سوی شورای رقابت نداشتند و به شدت مقاومت می‌کردند که دلیل آن تا به امروز مشخص نیست.

با توجه به ورود سرمایه‌های کلان بخش خصوصی در صنعت ریلی به نظر می‌رسد راه‌آهن برای حفظ و توسعه این سرمایه‌ها و دستیابی به اهداف تعیین‌شده باید موضع خود را در قبال بخش خصوصی مشخص کند. در تعریف کلان راه‌آهن در جایگاه رگولاتور با تنظیم قوانین و مقررات و پشتیبانی از سرمایه‌گذاری بخش خصوصی در راه توسعه و ارائه خدمات ریلی به صنایع گام برمی‌دارد و شرکت‌های خصوصی با حضور در این بستر نسبت به پررنگ‌تر کردن نقش راه‌آهن در حمل بار یاری می‌رسانند، اما ملاحظه می‌شود که چنین رخدادی در حال حاضر بیشتر شبیه افسانه است. در تجربیات خصوصی‌سازی راه‌آهن‌های دنیا چند رکن به طور مشترک در آنها ملاحظه می‌شود که مهم‌ترین رکن آن تعهد راسخ بدنه حاکمیتی در اجرای خصوصی‌سازی بوده و دوم استفاده از مشاوران ذی‌صلاح در تدوین استراتژی صحیح و دقیق روند خصوصی‌سازی و سوم گذر مقطعی و البته پیوسته برای انجام کامل آن و حتی در تجربه کشور نیوزیلند مشاهده می‌شود که طی ۱۱ سال از تصمیم به خصوصی‌سازی، ابتدا بخشی از راه‌آهن که براساس گزارش مشاوران باید به خصوصی‌سازی واگذار می‌شد، به یک شرکت دولتی تغییر یافت که هیات مدیره آن پنج نفر از نخبگان خصوصی صنعت ریلی بودند. یعنی هیات مدیره یک شرکت دولتی کاملا از بند خصوصی بودند و با درایت و نظارت تمام برای به ثمر نشاندن این استراتژی به صورت مستمر و با توالی مشخص اقدامات لازم را رصد و مدیریت کردند.