البته، وزارت علوم سال‌هاست که با استفاده از منابع صندوق رفاه دانشجویی با اولویت‌بندی دانشجویان، کمک‌ هزینه‌های تحصیلی را در قالب وام‌های دانشجویی پرداخت می‌کند تا بخشی از این هزینه‌ها را پوشش دهد، اما منابع این صندوق تنها بخشی از جمعیت دانشجویان کشور را تحت پوشش قرار می‌دهد و همه دانشجویان نمی‌توانند از این کمک‌ها در طول دوران تحصیل خود بهره‌مند شوند. از طرف دیگر با توجه به اینکه افراد در دوران دانشجویی امکان اشتغال تمام وقت را ندارند، تسهیلات رایج بانکی به دلیل کارمزدهای بالا گزینه مناسبی برای آنها نیستند. تسهیلات مناسب برای دانشجویان، وام‌های کم‌هزینه و ارزان‌قیمت با دوره پرداخت طولانی‌مدت هستند بانک قرض‌الحسنه مهر ایران علاوه بر تفاهم‌نامه‌هایی که با صندوق رفاه دانشجویی برای تامین منابع وام‌های تسهیلاتی منعقد کرده، تفاهم‌نامه‌های مختلفی را با بسیاری از دانشگاه‌ها به امضا رسانده است. بانک مهر ایران در نخستین گام، نرخ کارمزد تسهیلات قرض‌الحسنه دانشجویی را از ۴ درصد به ۳درصد کاهش داده است. گام بعدی این بانک برای بهره‌مندی دانشجویان از کمک‌هزینه‌های تحصیلی، امضای تفاهم‌نامه با صندوق رفاه دانشجویان وزارت علوم، صندوق رفاه دانشجویان وزارت بهداشت، صندوق رفاه دانشجویان دانشگاه آزاد، همکاری با دانشگاه پیام‌نور و دانشگاه علامه طباطبایی است.  در تفاهم‌نامه بانک قرض‌الحسنه مهر ایران با صندوق‌رفاه دانشجویی وزارت علوم، این بانک بخشی از منابع خود را برای اعطای وام شهریه به دانشجویان، در اختیار صندوق قرار می‌دهد. در طول مدت این همکاری چهار ساله، ۳۲۰ میلیارد تومان از منابع بانک مهر ایران، به پرداخت تسهیلات قرض‌الحسنه دانشجویی به دانشجویانی پرداخت خواهد شد که توسط صندوق رفاه دانشجویی وزارت علوم معرفی شوند. کارمزد این تسهیلات، ۳ درصد و حداکثر در طول ۸ مرحله در دوران تحصیل به دانشجویانی که صندوق رفاه دانشجویی به بانک مهر ایران معرفی کند، پرداخت می‌شود. مبلغ این تسهیلات، متناسب با مقطع تحصیلی و تا سقف ۲۰ میلیون تومان است.

در این تفاهم‌نامه، با مشارکت بانک مهر ایران، توان تسهیلات‌دهی صندوق رفاه دانشجویی وزارت علوم، دو برابر شده و دانشجویان بیشتری می‌توانند از تسهیلات ارزان‌قیمت قرض‌الحسنه در طول دوران تحصیل خود بهره‌مند شوند.

بانک مهر ایران همچنین تفاهم‌نامه‌ای با صندوق رفاه دانشجویان وزارت بهداشت دارد و در چارچوب آن به دانشجویان دوره‌های دستیاری پزشکی و Phd تسهیلات پرداخت می‌کند.

این تفاهم‌نامه برای پوشش ۱۵ هزار نفر از دانشجویان دوره‌های دستیاری پزشکی و Phd برنامه‌ریزی شده و مبلغ آن برای هر فرد بین ۱۰ تا ۱۵ میلیون تومان خواهد بود. کارمزد این تسهیلات ۴ درصد و بازپرداخت آن ۴۸ ماه به‌ علاوه یک سال استراحت است. در تفاهم‌نامه میان بانک قرض‌الحسنه مهر ایران و دانشگاه آزاد نیز دانشجویان همه مقاطع تحصیلی در تمام واحدهای این دانشگاه در استان‌های مختلف کشور، امکان استفاده از تسهیلات قرض‌الحسنه دانشجویی را دارند. بر این اساس هر دانشجو می‌تواند تا سقف ۲۰ میلیون تومان از تسهیلات قرض‌الحسنه بانک مهر ایران با کارمزد 3 درصد و دوره بازپرداخت دو تا چهار ساله استفاده کند. در تفاهمنامه بانک قرض‌الحسنه مهر ایران با دانشگاه پیام نور، دانشجویان با معرفی‌نامه از دانشگاه محل تحصیل خود می‌توانند به یکی از شعب این بانک مراجعه کنند و درخواست وام دانشجویی بدهند. سقف وام دانشجویی بانک قرض‌الحسنه مهر ایران برای دانشجویان دانشگاه پیام نور، حداکثر ۲۰ میلیون تومان است. دیگر مزیت این تفاهم‌نامه برای دانشجویان دانشگاه پیام نور، دریافت وامی است که تقریبا برابر با کل شهریه دوران تحصیل‌شان است. همچنین، تمامی‌ دانشجویان دانشگاه پیام نور می‌توانند برای خرید تجهیزات آموزشی مورد نیاز خود ضمن مراجعه به شعب بانک مهر ایران در سراسر کشور، کالاکارت دریافت کنند.