با توجه به وجود موج‌های سه‌گانه ابتلا به کرونا در ایران لازم است ابتدا برآوردی از میزان ایمنی جمعی ایجاد شود و ویژگی‌های جغرافیایی و جمعیتی گروه‌هایی که ایمنی جمعی پیدا کرده‌اند، ارائه شود تا بر مبنای آن به نرخ جمعیتی که باید تحت واکسیناسیون قرار گیرند، دست یافت. این مساله با توجه به وجود محدودیت در واکسن اهمیت بالایی دارد تا بتوان واکسن را به شکل بهینه استفاده کرد. در شرایط کنونی،‌ اولویت‌های رسمی اعلام‌‌شده برای واکسیناسیون عمدتا براساس گروه‌های پرخطر بدون در نظر گرفتن مساله جغرافیا و همچنین نقش گروه‌های شغلی یا سایر ویژگی‌هایی است که در انتقال و آسیب‌پذیری ناشی از کرونا اثرگذار است. رعایت این ملاک‌ها برای یافتن جمعیت تحت پوشش می‌تواند به اثربخشی بالاتر واکسن کمک کند. براساس برآوردهای سرانگشتی صورت گرفته اگر اثربخشی واکسن ۹۰ درصد باشد و تخمین جمعیتی که ایمنی جمعی پیدا کرده‌اند حدود ۱۵-۱۰ درصد باشد در این صورت میزان جمعیتی که باید تحت‌پوشش واکسن باشد حدود ۴۰-۳۰درصد است. از این‌رو یک چالش مهم و قابل طرح برای واکسیناسیون پیدا کردن افراد مناسب برای واکسن ذیل یک مجموعه ملاک روشن است که بتوان براساس آن اثربخشی بالاتری از واکسن را دنبال کرد.

به‌علاوه اگرچه واکسیناسیون یکی از اولویت‌های کلان ملی است و ممکن است مساله تامین منابع مالی برای ‌آن در مقایسه نسبی با سایر هزینه‌ها چالش جدی نباشد با این حال با توجه به محدودیت‌های عمومی درخصوص منابع مالی می‌توان از ظرفیت‌های قانونی برای تامین منابع مالی درخصوص واکسیناسیون اقدام کرد. یکی از ظرفیت‌های قانونی ماده ۴۸ قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت(۲) است که ذیل آن اخذ عوارض از کالاها و خدمات آسیب‌رسان به سلامت را حداکثر تا ۱۰ درصد ارزش کالا مجاز دانسته است. طی سال‌های گذشته اگرچه در پایان هر سال فهرست این گروه از کالاها توسط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اعلام می‌شود، با این حال با توجه به اینکه تعیین عوارض مربوطه و وصول آن ذیل کارگروهی متشکل از چند وزارتخانه از جمله وزارت صنعت، ‌معدن و تجارت، ‌وزارت امور اقتصادی و دارایی و وزارت تعاون،‌ کار و رفاه اجتماعی و سازمان برنامه و بودجه بوده است، با این حال به‌دلیل عدم‌همگرایی و همکاری دستگاه‌های اجرایی، نسبت به اخذ عوارض از این فهرست کوتاهی می‌شود و به‌رغم تاکید قانون تاکنون منابعی از این طریق ایجاد نشده است. با توجه به اینکه مصداق فهرست مدنظر این قانون شامل مواردی مانند سیگار، برخی نوشیدنی‌ها و فرآورده‌های گوشتی با اثرات نامناسب بر سلامت می‌شود و ارزش فروش این کالاها قابل توجه است و به‌علاوه منابع دیده‌شده به‌صورت مستقیم برای واکسن کرونا در لایحه بودجه هزار میلیارد تومان بوده است،‌ می‌توان از این ظرفیت قانونی نسبت به عملیاتی کردن اخذ عوارض از ابتدای سال آتی و استفاده از منابع حاصل شده برای تامین واکسن اقدام کرد.

به‌علاوه،‌ درخصوص واکسیناسیون لازم است سیاست ارتباطی مناسبی از سوی دولت برای ایجاد اطمینان از دسترسی عادلانه و همچنین اثربخشی واکسن اتخاذ شود. به طور مشخص برخی از کشورها پایگاه‌های اطلاعاتی ایجاد کرده‌اند که ذیل آن افرادی که واکسن را دریافت‌ کرده‌اند، می‌توانند به‌صورت روشن و مشخص هر گونه (با تاکید بر هر نوع از عوارض ایجاد شده اعم از مستقیم یا غیرمستقیم) عوارض ایجاد شده پس از واکسن را ثبت کنند و تیم‌های کارشناسی پیگیری عوارض ایجاد شده و گزارش‌های منظم و متواتر از نتایج حاصل شده را برعهده دارند. در اختیار قرار دادن داده‌های ثبت‌شده به تیم‌های مستقل و علمی به‌منظور ارزیابی این آثار می‌تواند در اعتباربخشی به واکسن‌های مختلف در داخل و همراهی بیشتر گروه‌های مختلف برای واکسن کمک کند. به‌علاوه در صورتی که تداوم خرید یا تولید مشترک یا تولید واکسن داخلی، چند نوع واکسن در اختیار بود،‌ لازم است به افراد در انتخاب نوع واکسن اختیار داده شود تا بتوان اعتماد عمومی بیشتری را برای واکسیناسیون جلب کرد.

با توجه به محدودیت منابع مالی دولتی لازم است از طریق سازمان  غذا و دارو و استفاده از شرکت‌های معتبر داخلی نسبت به واردات واکسن و ایجاد بازار داخلی برای آن اقدام کرد. این امر اولا بخشی از بار مالی را از دوش دولت بر‌می‌دارد و از سوی دیگر در عبور هر چه سریع‌تر از شرایط جاری می‌تواند موثر باشد.