اما اکثر مطالعات انجام گرفته برای شناسایی مشکلات بودجه کشور، نه‌تنها از پشتوانه علمی قدرتمند برخوردار نبودند، بلکه این پژوهش‌ها توسط کسانی انجام گرفته که هیچ بهره‌ای از تجربه در بخش بودجه (حتی یک دستگاه) نداشته‌اند. برای مثال، آسیب‌شناسی انجام‌شده توسط دانشگاهی در کشور، باعث سقوط نهاد بودجه و برنامه در زمان دولت نهم و دهم شد؛ بدون آنکه جایگزینی برای آن بیابند. از مهم‌ترین ثمرات انحلال و کاهش قدرت این نهاد، گسترش فساد و بی‌انضباطی در کشور بود. بنابراین بهتر است دست‌اندرکاران کنونی اصلاح ساختار، به‌جای اقدامات سریع و بدون مطالعه که منجر به تغییراتی می‌شود که نتیجه و برآیند آن همواره صفر بوده، این بار به شکل اساسی و براساس مطالعه‌ای در خصوص علل ناکامی بودجه‌ها با حضور افراد حائز شرایط علمی و دارای تجربه انجام دهند.

براساس اصل ۵۲ قانون اساسی، بودجه به ترتیبی که در قانون مقرر می‌شود از طرف دولت تهیه و برای رسیدگی و تصویب به مجلس ارائه می‌شود. هر گونه تغییر در ارقام بودجه باید در چارچوب قانون صورت بگیرد. چهار نکته در این اصل را می‌توان برشمرد. به ترتیب مقرر در قانون، تهیه توسط دولت، رسیدگی و تصویب در مجلس و بالاخره تغییر در ارقام.

۱- چارچوب تدوین بودجه توسط دولت: چارچوب تنظیمی توسط دولت را می‌توان به دو قسمت، «چارچوب قانونی» و «چارچوب شکلی» تقسیم کرد. چارچوب قانونی تهیه بودجه در دولت متکی به قوانینی چون قانون برنامه و بودجه، قانون محاسبات عمومی، قانون وصول برخی از درآمدهای دولت، قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت و الحاقی‌های آن و در نهایت قانون برنامه‌های توسعه است. هرچند از سایر قوانین نیز تا حدودی بهره گرفته می‌شود اما باید گفت وجود قوانین متفاوت و تا حدود زیادی متناقض، باعث شده که لوایح و قوانین بودجه سنواتی در معرض مشکلات اجرایی قابل‌توجهی قرار گیرند. دومین قسمت از چارچوب تنظیمی بودجه توسط دولت، «چارچوب شکلی» است. چارچوب شکلی و ظاهری بودجه از سال ۱۳۸۱ به این سو دچار تغییرات عمده‌ای شده است. در سال ۱۳۸۱ با اتکا به نظام آمارهای مالی دولت، لایحه این تغییرات تدوین شد. این تغییر توسط عده‌ای انگشت‌شمار کلید خورد و هیچ گاه هم از دقت و صحت این کار و بازخورد آن گزارشی تهیه نشد. در سال ۱۳۸۴ تغییرات شکلی با ظهور بودجه‌ریزی عملیاتی رخ داد؛ البته این تغییرات هم صرفا توسط عده‌ای خاص و بدون علم کافی به این موضوع شکل گرفت. در سال ۱۳۸۷ بودجه‌ریزی با هدف «در جیب جا شدن بودجه» شکل گرفت. این روند ادامه‌دار بود که با روی کار آمدن این دولت، کلید بودجه‌ریزی مبتنی‌بر عملکرد (البته به شیوه غلط) زده شد. در چارچوب این نوع بودجه‌ریزی هر ساله تغییراتی اعمال شده؛ اما در این سال‌ها هیچ گاه بازخورد و نتیجه‌ای از این تغییرات گزارش نشده است.

بنابراین چارچوب تهیه بودجه توسط دولت هم دارای محمل قانونی بوده و هم چارچوب شکلی دارد. اما وجود قوانین متضاد و ناقص و همچنین هدفمند نبودن چارچوب شکلی و نداشتن مطالعه، مشکل اصلی این بخش است. وجود قوانین متفاوت و گاه متناقض و همچنین عدم‌احاطه دست‌اندرکاران در نهاد برنامه و بودجه و دولت باعث شده که برداشت‌های متفاوتی صورت پذیرد. این امر باعث می‌شود که بخش‌ها و دستگاه‌های اجرایی مطلع از این امر گاهی منتفع و بخش ناآگاه، متضرر شوند. نبود چارچوب شکلی و ظاهری هدفمند و همچنین تغییرات مداوم بودجه، باعث شده تا اطلاعات بودجه‌ای مربوط به بخش‌ها و دستگاه‌های اجرایی نه‌تنها از بین برود، بلکه اختصاص اعتبارات به بخش‌ها و دستگاه‌ها دچار چانه‌زنی و براساس سلیقه و ارتباطات شود. این شکل چانه‌زنی و اعمال سلایق باعث شده که در تعیین میزان اعتبار و مصادیق لایحه بودجه، گاهی خود روسای‌جمهور وارد عمل شوند. برای مثال در دولت‌های نهم و دهم، گاهی حذف اعتبارات دستگاه‌ها، تبصره‌ها و کاهش ردیف‌های متفرقه رقم می‌خورد و هدف آن اعطای بودجه به دولت بود. سوال مهم این است که نتیجه و بازخورد این تغییرات سلیقه‌ای و بدون هدف چه بود؟ با روی کارآمدن دولت یازدهم، طرح بودجه‌ریزی مبتنی‌بر عملکرد برای بار دوم در بودجه کلید خورد. نتیجه آن تنها تغییرات مداوم برنامه‌ها، عملیات، کدهای بودجه و باقی ماندن تمام دستگاه‌ها با وظایف مشابه در لایحه است. استفاده از ابزارهای جدید در لایحه بودجه همانند اسناد خزانه اسلامی نیز از هدف اصلی آن یعنی پرداخت مطالبات، به هدف تامین اعتبار طرح یا هزینه‌کرد آن در بخش جاری تبدیل شده است. به‌عبارتی دیگر هدف اصلی فراموش شد. به‌نظر می‌رسد ابتدا باید فکری برای یکپارچه کردن قوانین مربوط به بودجه کرد. سپس با اصلاح و ایجاد بانک‌های اطلاعاتی مناسب، در یک بازه زمانی ۱۰ ساله، اصلاح شکلی بودجه را به‌صورت گام به گام انجام داد و از تغییرات ظاهری و دمدمی‌مزاجی پرهیز کرد. اما روند کنونی و تجربه‌ها حکایت از آن دارد که این روند اصلاح ساختار تنها برای گذر از زمان فعلی است.

۲- چارچوب رسیدگی و تصویب بودجه در مجلس: باید گفت هیچ چارچوب قانونی برای رسیدگی و تصویب بودجه در مجلس و تغییر ارقام آن وجود ندارد. مجلس بر خود این اختیار را فرض کرده که می‌تواند از صفر تا صد لایحه بودجه را تغییر دهد. میزان تغییرات انجام شده در مجلس، همواره معضل و مشکلی مهم بوده که هیچ‌گاه برای حل آن راهی اندیشیده نشده است. به‌نظر می‌رسد باید مطابق اصل ۵۲ قانون اساسی و برای اجرای مفهوم کلیدی نهفته در این اصل مبنی‌بر «به ترتیبی که قانون مقرر می‌دارد»، دولت لایحه‌ای را تهیه و به مجلس ارائه کند یا خود مجلس طرحی را برای این کار به تصویب برساند. باید میزان و مقیاس اختیار اعمال تغییر از سوی مجلس، مشخص شود. تاثیرگذاری مستقیم بودجه در شهرستان‌ها و دستگاه‌ها باعث شده تا هماهنگی خاصی بین دستگاه‌های اجرایی ذی‌نفع در بودجه و نمایندگان مجلس شکل بگیرد و لایحه بودجه متناسب با نظرات آنها تغییر یابد. به‌نظر می‌رسد اصل «محدود بودن منابع و نامحدود بودن نیازها و تقاضاها» برای مدیران دستگاه‌های اجرایی اعم از ملی و استانی و همچنین نمایندگان مجلس مفهومی ندارد. میزان تغییرات بودجه دستگاه‌ها، طرح‌ها و ردیف‌ها حکایت از این موضوع دارد. به‌نظر می‌رسد فقدان اطلاعات مکفی تهیه‌کنندگان و تصویب‌کنندگان بودجه و امکان تغییر نامحدود، باعث شده که ذی‌نفعان بودجه در دستگاه‌های محلی و استانی از اصل چانه‌زنی سود جویند.  

همچنین در این طرح یا لایحه، باید دامنه تغییرات قانونی و شکلی لایحه توسط دولت تعیین شود. به‌علاوه، حدود دخالت دستگاه‌های اجرایی، وزرا و سایر موارد در تدوین لایحه بودجه مشخص شود.