طبق اعلام سازمان ملل، باطرفی بعدها یکی از نظریه‌پردازان اصلی این تشکیلات بود و بعد هم رهبر شاخه القاعده در یمن شد. براساس اعلام پایگاه خبری «سایت»، باطرفی نخستین فرمانده ارشد القاعده است که دستگیر می‌شود. وی در زمان برعهده گرفتن پستش به‌عنوان رهبر القاعده در یمن گفته بود، کشته شدن رهبران القاعده نشان‌دهنده درستی و اعتبارشان است و به همین دلیل بازداشتش این تشکیلات را که هدایتش پس از کشته شدن اسامه بن لادن، بنیان‌گذار القاعده برعهده ایمن الظواهری است، در تنگنا قرار خواهد داد.