به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دولت، اسحاق جهانگیری در بخشی از این پیام تاکید کرد: لازم است دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی ذی‌ربط با سرعت و دقت تمام نسبت به شناسایی و برخورد با عوامل این ترور جنایت‌آمیز اقدام و نتیجه را به اطلاع عموم مردم شریف ایران برسانند.  همچنین رئیس مجلس در پیامی ضمن تسلیت شهادت فخری‌زاده تاکید کرد نهادهای امنیتی نسبت به شناسایی و مجازات عوامل این حادثه اقدام کنند. محمدباقر قالیباف در این پیام نوشت: امروز راه مماشات بسته است و انتقام، هزینه سنگین این ترورها را روشن خواهد کرد.  از سوی دیگر، سید ابراهیم رئیسی، رئیس قوه‌قضائیه نیز در پیامی به شهادت دانشمند انقلابی، شهید محسن فخری‌زاده واکنش نشان داد و نوشت: از آنجا که بروز این حوادث ناگوار و از دست دادن مجاهدان علم و عمل، برای جامعه ما ضایعه‌ای غم‌انگیز و جبران‌ناپذیر بوده و اقدام انجام شده، یک جنایت بزرگ محسوب و تکرار چنین حوادثی به هیچ عنوان قابل قبول و تحمل نیست، دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی و مراجع قضایی ذی‌ربط، موظفند در اسرع وقت و با به‌کارگیری تمام توان اطلاعاتی در جهت شناسایی و دستگیری عناصر مزدور و جنایتکار، اقدام و کلیه دست‌اندرکاران این جنایت اعم از آمران، طراحان و مباشران، مورد محاکمه قرار گرفته و به سزای اعمالشان برسند.

ربیعی: متجاوز قطعا تنبیه خواهد شد

دستیار ارتباطات اجتماعی رئیس‌جمهوری و سخنگوی دولت نیز در پیامی با تسلیت شهادت محسن فخری‌زاده دانشمند برجسته هسته‌ای و دفاعی کشورمان گفت: قطعا متجاوز تنبیه خواهد شد، اما نه در زمین بازی‌ای که او تعریف کند.  علی ربیعی در رشته‌ توییتی یادآوری کرد: دشمنان تروریست با توجه به فعل و انفعالات یک ماه اخیر اهدافی همچون برهم زدن آرامش روانی جامعه، ایجاد سردرگمی در استراتژی ایران، به هم زدن امنیت منطقه، به هم خوردن فضای امنیت جهانی باتوجه به تغییرات احتمالی آتی در سیاست‌های بین‌المللی را دنبال می‌کنند. این حق برای ملت ایران باقی است که براساس استراتژی مشخص معطوف به منافع و عزت ملی، پاسخی قاطع که تعیین‌کننده ابعاد، زمان و مکان آن خواهد بود، بدهد.  همچنین محمود واعظی، رئیس دفتر رئیس‌جمهوری در پیام تسلیت خود برای ترور و شهادت شهید فخری‌زاده تاکید کرد: بی‌تردید تمام عوامل و ایادی این حرکت مزورانه با تلاش نیروهای نظامی و امنیتی به‌زودی شناسایی و پاسخ سخت و کوبنده ملت ایران را دریافت خواهند کرد و بار دیگر تمام امیدهای آنها به یأس تبدیل خواهد شد.

توصیه ظریف به جامعه جهانی

در ادامه واکنش‌ها محمدجواد ظریف، وزیر امور خارجه کشورمان در پی ترور دانشمند برجسته ایرانی در پیامی توییتری از جامعه جهانی خواست تروریسم دولتی را محکوم کرده و با ماجراجویی‌هایی که موجب تشدید تنش‌ها می‌شود، مقابله کند. به گزارش «ایسنا» ظریف افزود: ایران همواره برای حفظ صلح و ثبات منطقه و جهان در خط مقدم مبارزه با تروریسم بوده است. از جامعه جهانی می‌خواهیم تروریسم دولتی را محکوم کرده همچنین با ماجراجویی‌ای که تنش‌های منطقه‌ای را تشدید می‌کند، مقابله کند.

پیام تسلیت وزیران

از سوی دیگر، وزیران کابینه هم در پیام‌هایی جداگانه، شهادت محسن فخری‌زاده را تسلیت گفتند. وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در پیام خود ضمن تسلیت شهادت مظلومانه محسن فخری‌زاده نوشت: شهادت مظلومانه ایشان، حادثه‌ای ناگوار و نشان روشن ناتوانی دشمنان نظام جمهوری اسلامی ایران است. سید‌عباس صالحی تاکید کرد: بی‌تردید نیروهای خدوم امنیتی و اطلاعاتی کشور این اقدام نابخردانه را بی‌پاسخ نخواهند گذاشت و اقدام درخور و بهنگامی به این ضایعه اسفناک خواهند داد.  همچنین محمد شریعتمداری وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی در پیامی توییتری ضمن تسلیت شهادت دانشمند برجسته ایرانی، تاکید کرد که ایران اسلامی پاسخ سهمگین به اسرائیل جنایتکار غاصب خواهد داد.  عبدالرضا رحمانی‌فضلی، وزیر کشور هم در پیامی جداگانه نوشت: دشمنان تروریست مردم ایران به خیال خام و ارتجاعی خود انواع تهدیدات و تهاجمات خصمانه را، از تحریم‌های گسترده ظالمانه تا تلاش برای ایجاد آشوب و ناآرامی در کشور و ترور عزیزترین و مخلص‌ترین خادمان ملت به راه انداختند، اما با مقاومت حداکثری و جانانه مردم هوشیار و عزت‌جوی ایران اسلامی روبه‌رو شدند و در تسلیم کردن مردم ایران ناکام ماندند. او افزود: نظام تروریست دولتی و بین‌المللی با شکست مفتضحانه خود در فشار حداکثری بر مقاومت مردم ایران با هدف قرار دادن قهرمانان دفاع ملی و دانش بومی قصد دارد انتقام ناکامی‌های خود را از پیشرفت‌های تکنولوژیکی و دفاعی و علمی ایرانیان که احیاگر تمدن بزرگ اسلامی ایرانی شده‌اند، بگیرد.  همچنین وزیران اقتصاد و دارایی، راه و شهرسازی و ارتباطات و وزیر ورزش و جوانان نیز در پیام‌های جداگانه، ترور محسن فخری‌زاده را محکوم کرده و شهادت او را تسلیت گفتند.