سید‌حسن خمینی در این نامه خطاب به آیت‌الله شبیری زنجانی نوشت: «اگرچه حوادث تلخ این روزها جان‌های شاگردان و ارادتمندان حضرتعالی را رنجاند و عواطف متدینین را جریحه‌دار ساخت، ولی در خود ثمره مبارکی هم داشت که همان حسن‌توجه به ضرورت استقلال حوزه‌های علمیه و ارتباط وثیق حفظ نظام جمهوری اسلامی با محافظت از جایگاه مرجعیت عالی شیعیان است.» براساس گزارش سایت خبری جماران، سید‌حسن خمینی با بیان اینکه تاسف شدید خود را از اسائه ادبی که به ساحتتان شده است ابراز می‌دارم، نوشت: «حقیقت آن است که نظام جمهوری اسلامی ثمره همه مجاهدات عالمان مسلمان و مجاهدان راه عزت و سربلندی است و به همین سبب صیانت از آن از اوجب واجبات است. اما نکته آنجاست که حفظ این مهم نه تنها به ذوب شدن روحانیت شیعه در حکومت وابسته نیست؛ بلکه تنها با استقلال حوزه و مرجعیت از دولت‌ها میسر است. وجود عالمان وارسته‌ای که مردم آنان را ملجأ و مأوای خود بدانند و در سختی‌ها و شدائد به آنان مراجعه کنند، همواره راه حفظ اسلام و جمهوری اسلامی برای حال و آینده است.»

یادداشت آیت‌الله محقق داماد

از سوی دیگر، آیت‌الله سید‌مصطفی محقق داماد در واکنش به نامه سرگشاده شنبه شب آیت‌الله محمد یزدی خطاب به آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی، در یادداشتی در روزنامه اطلاعات، با تاکید بر اینکه به‌ تصدیق عموم ارباب معرفت، خبرگان واقعی (و نه رسمی)، دین‌شناسان و صاحب‌نظران در میدان فقاهت شیعی، حضرت آیت‌الله العظمی حاج آقا موسی شبیری زنجانی (دامت برکاته) یکی از شایستگان مرجعیت تقلید در زمان حاضر هستند، تاکید کرد: «به یقین، تضعیف مرجعیت شیعه از رهگذر هر گونه اقدام از سوی هر صاحب منصب و پست و مقامی، نه به صلاح دین است و نه به صلاح دنیای ملت. هر چند که جای نگرانی نیست.»

بیانیه اساتید حوزه علمیه قم

در اقدامی دیگر که در دو روز اخیر در واکنش به نامه آیت‌الله یزدی صورت گرفت، تعدادی از اساتید حوزه علمیه قم بیانیه صادر کردند؛ بیانیه‌ای که تاکید می‌کند نامه آیت‌الله یزدی ماجرای فاجعه اخیر زیرزمین فیضیه را در اذهان زنده کرد. براساس گزارش «انتخاب»، در این بخش از بیانیه که نام ۸۴ استاد حوزه علمیه قم ذیل آن دیده می‌شود، آمده است: «نامه سرگشاده آیت‌الله یزدی، دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم خطاب به مرجع عالیقدر و فقیه وارسته، آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی، به بهانه دیدار ایشان با جمعی از شخصیت‌های شناخته شده و خدمتگزار دین و سرزمین، از باب تفقد استاد از برخی شاگردانشان، آن هم در آستانه اربعین حسینی و نمایش وحدت اسلامی و انسانی با پرچمداری شیعیان که انسجام بیشتر را می‌طلبد، موجب شگفتی شد و ماجرای فاجعه اخیر زیرزمین فیضیه را اذهان زنده کرد.» این بیانیه تاکید می‌کند که «تخطئه یک مرجع تقلید و مدرس عالی‌مقام، به بهانه یک اقدام کاملا شخصی و انسانی، و تعیین تکلیف برای ایشان از موضعی قیم‌مآبانه، تحت لوای دفاع از نظام و رهبری، نتیجه‌ای جز وهن حوزه و نظام ندارد.» در میان امضا‌کنندگان این بیانیه، نام مرتضی جوادی آملی، محمدمهدی فقیهی و داوود فیرحی دیده می‌شود.

نظر اعضای جامعه مدرسین

از سوی دیگر، «ایرنا» در گزارشی با طرح این سوال که «آیا اعضای جامعه مدرسین موافق ارسال نامه به آیت‌الله شبیری زنجانی بودند؟»، نوشت: «یکی از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه که نخواست نامش فاش شود می‌گوید که در آن جلسه هرچند آیت‌الله یزدی نسبت به این دیدار ابراز ناراحتی کرد، اما نگفت که می‌خواهد به آیت‌الله شبیری زنجانی نامه بنویسد.» او توضیح داد: «آیت‌الله یزدی حتما می‌دانسته که اگر موضوع نامه را مطرح کند، اعضا با آن مخالفت می‌کنند، به همین خاطر موضوع نگارش نامه را در جلسه مطرح نکردند. از طرف دیگر، شاید هم با عده‌ای برای نگارش نامه مشورت کرده باشند، ولی به‌هرحال در جلسه چیزی درباره نگارش نامه مطرح نشد.»

واکنش کرباسچی

در میان واکنش‌ها به نامه آیت‌الله یزدی خطاب به آیت‌الله شبیری زنجانی، غلامحسین کرباسچی دبیرکل حزب کارگزاران سازندگی هم به «ایرنا» گفت: «آیت‌الله یزدی حتما برای اتهامشان به ما دلیل دارند.» کرباسچی توضیح داد: «ایشان بالاخره هشت سال رئیس قوه‌قضائیه و قاضی‌القضات بوده‌اند، حتما از روی عدالت و با ادله صحبت کرد‌ه‌اند. برای اتهامی که به افراد حاضر در آن جلسه زده‌اند حتما باید دلیل و برهان قاطع داشته باشند.» او همچنین گفت: «دیدگاه افراد حاضر در آن جلسه نسبت به نظام جمهوری اسلامی و رهبری انقلاب معلوم است. همه چیز را که نباید به زبان گفت. این افراد ۴۰ سال در نظام بودند و کارنامه مشخصی هم دارند. کارنامه آقای یزدی هم مشخص است. مردم خودشان با توجه به سوابق افراد درباره آنان قضاوت می‌کنند.» از سوی دیگر، عبدالله نوری نیز به نامه سرگشاده آیت‌الله یزدی واکنش نشان داد و نوشت: «نه ‌من و نه شما حق نداریم دین، مقدسات و مرجعیت را برای نزدیک شدن به ‌قدرت و ‌حفظ پاره‌ای امتیازات هزینه کنیم. وضعیت شما قابل درک است ولی ‌راه‌حل آن منحصر به این حرمت‌شکنی‌ها نیست.‌»به‌تازگی تصویری از دیدار آیت‌الله شبیری زنجانی با عبدالله نوری وزیر کشور دولت اصلاحات،  رئیس دولت اصلاحات و غلامحسین کرباسچی دبیر کل حزب کارگزاران سازندگی، منتشر شد. این دیدار که در تهران و در منزل عبدالله نوری برگزار شده بود با واکنش منفی دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم مواجه شد. آیت‌الله محمد یزدی چند روز پس از این دیدار با انتشار نامه‌ای سرگشاده به آیت‌الله شبیری زنجانی، به این مرجع تقلید با ادبیات تندی معترض شد و به ایشان هشدار داد دیگر این‌گونه دیدارها تکرار نشود.