متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

با تاثر و تاسف اطلاع یافتم که عالم ربانی و معلم اخلاق آیت‌الله آقای حاج آقا مرتضی تهرانی رحمه‌الله‌علیه دار فانی را وداع گفته و ان‌شاءالله به مامن رضای الهی در جوار مرقد حضرت علی‌بن‌موسی‌الرضا علیه السلام بار یافته‌اند. عمر با برکت این فقیه عالیقدر و سالک الی الله سرشار از نورانیت و صفا و خدمت به دین و اخلاق بود و جمع زیادی از جوانان پاک‌نهاد و فاضل از سرچشمه فضائل علمی و اخلاقی ایشان بهره‌مند گشته و در صراط مستقیم ثبات یافته‌اند. این مصیبت را به خاندان گرامی و فرزندان محترم و دیگر وابستگان و به شاگردان و ارادتمندان ایشان صمیمانه تسلیت عرض می‌کنم و علو درجات ایشان را از خداوند متعال مسالت می‌نمایم.