متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم

آیت‌الله آقای حاج شیخ جعفر سبحانی دامت برکاته

درگذشت همشیره‌ مکرمه را به حضرت مستطاب‌عالی و دیگر بازماندگان تسلیت عرض می‌کنم و دوام صحت و عافیت جنابعالی و رحمت و مغفرت الهی را از خداوند متعال مسالت می‌نمایم.

والسلام علیکم و رحمة الله

سید‌علی خامنه‌ای

۶/ آبان ماه/ ۹۶