او از لحاظ استعداد علمی شجاعت و منش مبارزه ممتاز بود
پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری : حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی صبح روز یکشنبه در دیدار دست‌اندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی در آستانه چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگره‌ای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به جایگاه تاثیرگذار مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام(ره) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام‌الله‌علیها و گرد آمدن مبارزان در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانه‌ای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند. رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز و بهت‌آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال ۱۳۵۶ را نیز، زمینه ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه مواجهه امام(ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی و ساده‌زیستی و زهد ایشان خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزند شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذره‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود. ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی به‌شدت علاقه‌مند و عاشق امام بود و کوچک‌ترین تعرض به شخصیت امام را بر نمی‌تابید. پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت‌الاسلام و المسلمین رشاد رئیس شورای سیاست‌گذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی و حمید انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامه‌های کنگره بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجام‌شده بیان کردند.
