واحد تصفیه پساب شهرک پتروشیمی‌مکران برای تصفیه کلیه پساب‌های صنعتی و بهداشتی تولیدی در شهرک در سه فاز طراحی و فاز اول آن در حال اجراست. این واحد از دو بخش عمده تصفیه پساب و بازیافت و بازچرخانی آب تشکیل شده است. در بخش تصفیه پساب با استفاده از روش‌های فیزیکی، شیمیایی و بیولوژیکی (سیستم MBBR ) روزانه ۳۶۰۰ متر مکعب پساب تصفیه و پس از اختلاط با ۷۸۰۰ مترمکعب جریان بلودان واحدهای کولینگ به بخش بازیافت آب انتقال داده می‌شود. در این بخش از طریق پکیج‌های Self Cleaning Filter , Ultra Filtration و RO عملیات بازیافت آب صورت پذیرفته و ۶۵۰۰ مترمکعب در شبانه روز آب با TDS حدود ۲۰ppm و حدود ۲۸۰۰ متر مکعب در روز آب مورد نیاز آبیاری تولید می‌کند. همچنین آب سرویس واحدها نیز پس از ضد عفونی از طریق این واحد به کلیه واحدهای صنعتی تحویل می‌شود. از سوی دیگر سیستم تصفیه خانه فوق مجهز به پکیج VOC Removal بوده و کلیه بخارات آلی و بوهای نامطبوع را جمع‌آوری و حذف می‌کند. همچنین کلیه لجن‌های تولیدی از طریق واحد زباله سوز با ظرفیت ۲۵ تن در روز امحا می‌شوند. یکی دیگر از جنبه‌های محیط زیستی این طرح امکان جمع‌آوری و ذخیره‌سازی پساب‌هایی خارج از مشخصات کیفی ورودی تصفیه خانه است که این موضوع با پیش‌بینی مخازن ذخیره برای ۲ شیفت کاری مجتمع‌ها محقق شده است. سیستم مدرن تصفیه خانه شهرک پتروشیمی‌ مکران با طراحی مبتنی بر ZLD  یکی از تصفیه خانه‌های منحصر به فرد در سطح کشور بوده که طراحی آن با تکیه بر تجربیات پروژه‌های مدرن بین‌المللی و به صورت دانش‌بنیان بوده که در حال ساخت و اجرا است.

فرآیند پساب صفر یا ZLD یک فرآیند ارتقا یافته از گروه فرآیندهای نمک‌زدایی حرارتی است که به طور گسترده در زمینه نمک‌زدایی با ریکاوری ۱۰۰ درصد مورد استفاده قرار می‌گیرد. در این فرآیند تمام فاضلاب تصفیه و بازیافت می‌شود. بنابراین، در پایان چرخه تصفیه، هیچ پسابی باقی نمی‌ماند. فرآیند ZLD یک روش پیشرفته تصفیه فاضلاب است که شامل اولترافیلتراسیون، اسمز معکوس، تبخیر/ تبلور و الکترودیونیزه کردن است. در فناوری‌های ZLD از تغلیظ‌کننده‌های آب و تبلور استفاده می‌شود که از تبخیر حرارتی برای تبدیل آب شور به آب بسیار تمیز و محصولات خشک جامد برای دفع یا برای بازیافت استفاده می‌کند. سیستم‌های تبخیر کننده / تبلور رایج‌ترین مراحل در فرآیندهای ZLD هستند.