عبدالرسول خلیلی هویت‌بخشی به مدیریت ارشد مناطق آزاد از جمله کارهای مهمی است که در دولت دهم صورت گرفت، به طوری که مدیریت عالی مناطق آزاد در زیرمجموعه معاونت اجرایی رییس‌جمهوری قرار گرفت. حل این معضل در حالی است که از آغاز فعالیت مناطق آزاد، این مناطق نمی‌توانستند مسائل و مشکلات خود را در سطح هیات دولت مطرح کنند؛ به همین خاطر وزارتخانه‌های «بازرگانی» و «صنایع و معادن» که الان به نام وزارت صنعت، معدن و تجارت با یکدیگر ادغام شده‌اند، به دنبال آن بودند تا مناطق آزاد را به زیرمجموعه خود در آورند. تا جایی که در وزارت بازرگانی حوزه‌ای به عنوان قائم‌مقام وزیر، مسوولیت پیگیری و اجرایی کردن فعالیت‌های مناطق آزاد را دنبال می‌کرد. در واقع یک خط موازی در وزارت بازرگانی برای کار مناطق آزاد به وجود آمده بود و سردرگمی فعالان اقتصادی، سرمایه‌گذاران بخش خصوصی و سرمایه‌گذاران خارجی را فراهم ساخته بود. معلوم نبود که فعالیت آنها چه ارتباطی به مناطق آزاد دارد که حسب قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی مصوب ۷/۶/۱۳۷۲ و اصلاحات بعدی آن به شورای عالی هماهنگی که برگزیده تعدادی از وزارتخانه‌ها و مراکز مهم در کشور به سرپرستی رییس‌جمهور بود، محول شده بود که این مسوولیت در ۲۵شهریور ماه سال ۱۳۸۸ به شورای هماهنگی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی تغییر داده شد. اکنون با برگزاری انتخابات دوره یازدهم ریاست‌جمهوری برای توان‌بخشی به قدرت مناطق آزاد به منظور رونق تولید ملی، حمایت از کار و سرمایه ایرانی که کلید حماسه اقتصادی در کشور است، همچنین جذب سرمایه‌گذاری خارجی که راهبرد میانه توسعه اقتصادی است، دولت جدید باید بتواند با انجام برنامه‌ریزی‌های مکمل فعالیت‌های اقتصادی در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، استفاده لازم را از مزایای رقابتی این مناطق برای تحقق ظرفیت‌های موجود با استفاده از مدیران کارآ و کارآمد به عمل آورد. بدیهی است حضور مدیر ارشد مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در هیات دولت می‌تواند این مناطق را به عنوان مهم‌ترین اهرم اقتصادی کشور در خدمت منافع مردم در آورد.