شمشیری مسوولیت موقوفه خود را به مصدق واگذار کرد. مصدق در نامه‌های خود چندین‌بار به جریان این موقوفه، اختصاص درآمد آن برای ساخت بیمارستان و مکاتبه‌اش با شمشیری اشاره کرده‌است. مصدق در یکی از نامه‌هایی که در ۳تیر ۱۳۴۴ از تبعیدگاه به پسرش نوشته بود از اینکه مستأجران به‌موقع اجاره خــود را نمی‌پردازند، به تلخی گله می‌کرد و می‌گفت: «خدا شاهد است اگر مرحوم مغفور، شمشیری حیات داشت از این کار استعفا می‌دادم.» در جریان جنبش ملی‌شدن نفت، کشور با کمبود سرمایه مواجه شد و دولت اوراق‌قرضه منتشر کرد. شمشیری مبلغ قابل‌توجهی از این اوراق را برای حمایت از دولت و جنبش ملی‌شدن نفت خریداری کرد و به قهرمان خرید قرضه ملی، مشهور شد.  او همچنین در این دوران هزینه زندگی چندین دانشجوی دانشکده پزشکی را تامین کرد.  شمشیری فرزندی نداشت؛ از این‌رو وصیت کرد یک‌سوم از دارایی خود را به امور خیریه اختصاص دهند. او مردی آزادی‌خواه و پیرو رجال مشروطه بود و با خودکامگی مبارزه می‌کرد.  شمشیری همواره می‌گفت: «داور، مرا به سیاست کشاند بعد از کریم‌آبادی رئیس صنف قهوه‌چی تهران (که طرفدار مدرس بود) پیروی می‌کردم. روزی برای تماشا به مجلس شورای‌ملی رفتم؛ از حرف‌های محمد مصدق خوشم آمد و در راه او حاضر به فداکاری و جانبازی هستم.» 

شمشیری به دوستانش می‌گفت: «آرزو دارم که یک روز آزادی واقعی ملت را ببینم و بمیرم.» با وجود نداشتن سواد، وی مردی واقع‌بین، منصف، آزادمنش و به دور از عقاید خرافی بود. در زندگی اجتماعی دارای صراحت‌بیان، راستگو، کم‌حرف، نکته‌سنج، لطیفه‌گو، باوفا، مهربان، امین، رازدار و در مشورت، صادق بود و همیشه جانب اخلاق را به حد کمال رعایت می‌کرد. با وجود همه شکافی که در جبهه ‌ملیون در نیمه سال‌۱۳۳۱ ایجاد شد، تا آخرین روز زندگیش حامی این جنبش بود، پس از ۲۸ مرداد ۱۳۳۲، خانه و محل تجاری وی را غارت کردند.  سپس زندانی و به مدت ۶ ماه به‌جزیره خارک تبعید شد؛ در همان‌جا تلاش کرد به کمک دوستش(حاج محمود)، مانیان سواد بیاموزد. کتاب اول دبستان را تمام کرد و کتاب دوم را تا نیمه خواند. این جمله، حاصل تمرین او در تبعید خارک است: «خدا را شکر که به خارک آمدم تا خواندن و نوشتن یاد بگیرم.» در خارک برای اهالی مرغداری ایجاد کرد. وی در آن هوای سوزان به مردم محروم محلی خدمت می‌کرد، بدون اینکه انتظار پاداشی داشته‌باشد، پس از کودتای ۲۸ مرداد، در معرض فشار چاقوکشان وابسته به حکومت قرار داشت.

علاقه وی نسبت به دوستانش سبب می‌شد که در سختی و مشکلات به آنها خدمت بیشتری کند. در هفته‌های آخر عمرش تعدادی از دوستان وطن‌خواه وی در زندان شهربانی و قزل‌قلعه، زندانی بودند. او با وجود بیماری و ضعف با غذا و میوه به سراغ آنها می‌رفت و ساعت‌ها در گرمای مرداد منتظر دیدار آنها می‌ماند. گاهی اوقات، محروم و آشفته بازمی‌گشت؛ بدون اینکه بتواند غذا و میوه را به آنها برساند.  شمشیری در درون خانواده نیز مردی مهربان بود؛ با وجود آنکه سخت‌ترین شرایط فقر و تنگدستی را در سال‌های اولیه کسب‌وکارش تجربه کرده‌بود، بعدها با بهبود موقعیت اقتصادی برای همسرش خانه‌ای بزرگ در خیابان پاستور خرید و آنجا را با کاشتن درخت و گل آراست. شمشیری سرانجام در ۱۲مهر سال‌۱۳۴۰ در محل کارش دچار سکته قلبی شده و درگذشت. دوستداران وی مراسم متعدد ختم در شهرهای تهران، اصفهان، مشهد، شاهرود و شیراز برگزار کردند و‌ هزاران نفر در مراسم ختمش شرکت کردند. دکتر مصدق طی اطلاعیه‌ای نوشت: «از خبر درگذشت رادمرد وطن‌پرست و آن خیر نیکوکار آقای شمشیری آنقدر متاثر شدم که به‌سختی‌توانستم از عهده نگارش این سطور برآیم.»