در هر صورت یکی از بخش‌هایی که اصلاح مالیاتی آنها در دستور کار قرار گرفته است، مناطق آزاد و ویژه است. اصل وجودی مناطق آزاد مبتنی بر معافیت و تخفیفات مالیاتی و گمرکی است، اما این معافیت‌ها باید بتواند بر جذب حداکثری تولیدکنندگان تاثیرگذار باشد. عملکرد مناطق آزاد ایران با گذشت نزدیک به سه دهه نشان می‌دهد به‌رغم موفقیت نسبی در بحث توسعه منطقه‌ای و محلی و به‌دلیل تعریف وظایف متعدد برای مناطق آزاد این مناطق نتوانسته‌اند در حوزه صادرات، تولید و جذب سرمایه‌گذار نسبت به سرزمین اصلی و نمونه‌های موفق و مشابه منطقه‌ای موفقیتی داشته باشند. البته مقایسه مناطق آزاد ایران با نمونه‌های دیگر جهانی چندان قیاس درستی نیست به‌دلیل اینکه نحوه ایجاد و اداره این مناطق متفاوت است. از ابتدای تاسیس مناطق آزاد ایران تعریف وظایف چندگانه و مهم‌تر از آن محدوده‌های وسیع این مناطق که نقاط شهری و جمعیتی را در برمی‌گرفت باعث شد که این مناطق به امور دیگر به غیر از تولید و صادرات متمرکز شوند. به عبارت دیگر، این مناطق با جانمایی غلط و وظایف چندگانه از مسیر اصلی خود منحرف شدند. در این شرایط برای اینکه وضعیت این مناطق ساماندهی شود، باید در درجه اول یک الگوی مناسب برای حل چالش‌های اساسی مناطق آزاد از جمله نظام درآمدی وابسته به دریافت عوارض اصلاح شود. در عین حال، باید توجه داشت که مناطق آزاد نمی‌توانند همزمان نقش دولت محلی یا توسعه منطقه‌ای و امور تولید و صادرات را ایفا کنند کما اینکه تاکنون نیز نتوانسته‌اند. مناطق آزاد تجاری- صنعتی همیشه در این اتهام قرار دارند که به‌جای تمرکز بر امور صنعتی، به امور تجاری توجه بیشتری کرده‌اند به‌دلیل اینکه درآمد چندانی از محل تولید و صادرات عاید سازمان‌های مناطق آزاد نمی‌شود. درحالی‌که مناطق آزاد موفق دیگر رویه متفاوتی را طی کرده‌اند. باید در نظر گرفت که مدیران سازمان‌های این مناطق راهکار دیگری به جز توسل به درآمدهای پیش‌بینی‌شده از محل واردات یا اخذ عوارض ندارند و هر شخص یا دولت‌ دیگری نیز در این مقام قرار گیرد به‌دلیل چرخه معیوب نحوه ایجاد و اداره در مناطق آزاد قطعا باید به‌دنبال اخذ عوارض از واردات، مجوزها و امور تجاری باشد. از این رو، در درجه اول باید کاهش جذابیت‌های مناطق آزاد از جمله معافیت‌های مالیاتی و گمرکی به‌گونه‌ای انجام شود که تولیدکنندگان و فعالان اقتصادی دچار چالش نشوند. تجربیات جهانی نیز نشان می‌دهد که معافیت‌های اعطایی به مناطق آزاد عمدتا تمرکز بر تولید و صادرات دارند و معاف کردن مالیات ارزش افزوده مناطق آزاد در امور تجاری و خرید و فروش‌های معمول روزمره افراد دارای منطق اقتصادی نیست. همچنین حذف یا ساماندهی معافیت ارزش افزوده نباید به‌گونه‌ای انجام شود که رویه‌های اداری جدید برای تولیدکنندگان به‌وجود ‌آید. بنابراین مالیات ارزش افزوده‌ یا سایر معافیت‌هایی که صرفا متمرکز بر تولید و صادرات است، همچنان باید تداوم یابد و در شرایط اظهار با نرخ صفر نیز باید رویه‌ها و بوروکراسی اداری آن نسبت به سرزمین اصلی به مراتب آسان‌تر و سهل‌تر باشد.  از این‌رو، درخصوص حذف معافیت ارزش افزوده متمرکز بر امور تجاری و خرید و فروش‌های معمول مصرف‌کنندگان یا سایر معافیت‌های مالیاتی از جمله مالیات بر دارایی باید عنوان کرد که یکی از علت‌های اصلی این آسیب جانمایی اشتباه مناطق آزاد بوده و باعث شده است که نقاط جمعیتی و شهری و روستایی را در برگیرد و این معافیت‌ها مشمول این مناطق شود درحالی‌که این امر قطعا منطق اقتصادی ندارد و معافیت‌ها صرفا باید متمرکز بر امور تولیدی باشد و همچنان نیز تداوم یابد. این روش میانی می‌تواند بخشی از دغدغه بودجه‌ای و در عین حال مزیت و جذابیت مناطق آزاد را حفظ کند. پیش‌بینی می‌شود با توجه به کاهش واردات به کشور و کاهش درآمدهای سازمان‌های مناطق آزاد از محل واردات دیر یا زود نیاز به انجام اصلاحات اساسی در مناطق آزاد با محوریت اصلاحات ساختاری در بودجه، شیوه درآمدزایی، ساختار سازمانی، نحوه جانمایی و بازنگری در ماموریت مناطق آزاد در دستور کار جدی سیاست‌گذار قرار گیرد و در عین حال باید از ایجاد مناطق آزاد و ویژه جدید تا زمان حل مشکلات مناطق آزاد فعلی اجتناب کرد.