به نظر می‌رسد استعفا، رد صلاحیت و جابه‌جایی‌‌های مکرر وزرای کشور باعث شد تا برنامه‌‌های عملیاتی و اهداف برخی از دستگاه‌‌ها دستخوش تغییرات بنیادی شود و تعیین ضوابط و الگوهای جدید توسط وزرای جدید برای سازمان‌‌های تابعه به معضل تبدیل شود. به‌عنوان مثال، سه سازمان اصلی کشور، سازمان تامین‌اجتماعی، سازمان توسعه تجارت و سازمان امور مالیاتی مدت‌‌هاست که با سرپرست اداره می‌شود. درسازمان امور مالیاتی به‌عنوان نهاد درآمدزای کشور پس از گذشت سه ماه از مهلت قانونی سرپرستی از سوی محمدقاسم پناهی و یک ماه اداره سازمان بدون رئیس و سرپرست، اخیرا امیدعلی پارسا با حکم رئیس‌جمهور به‌عنوان رئیس سازمان امور مالیاتی انتخاب شد. براساس قانون، مدت زمان تصدی سرپرستی در سازمان‌‌های دولتی سه ماه است که تحت شرایط خاص تا یک دوره بعد و تا حداکثر۶ ماه قابل تمدید است. روندی که امروزه برای تعیین روسای برخی سازمان‌‌ها پیش گرفته شده، تکرار تجربیات گذشته است که مشکلات عدیده‌ای را ایجاد کرده است. سازمان توسعه تجارت به‌عنوان نهاد اصلی حوزه صادرات، ۶ ماه است که با سرپرست اداره می‌شود و مهلت قانونی تعیین ریاست آن به اتمام رسیده است؛ این درحالی است هنوز اقدام عملی برای تعیین تکلیف ریاست این سازمان صورت نگرفته و سرپرست از لحاظ قانونی حق امضا یا صدور حکم را ندارد. این سازمان عموما به‌دلیل حمایت‌‌های مربوط به ورود به بازارهای هدف، ارائه مشاوره و خدمات تجاری، یافتن شریک تجاری و کمک به شناسایی موانع قانونی گسترش فعالیت‌‌های تجاری همگرایی هدفمندی با تشکل‌های بخش‌خصوصی و اتاق‌‌های بازرگانی داشته و نقش بسزایی در افزایش تجارت خارجی ایران دارد؛ اما تاخیر در تعیین ریاست این سازمان و اداره آن توسط سرپرست، باعث محدودیت در ایفای نقش مدیریتی و پذیرش مسوولیت فعالیت‌‌ها در حوزه صادرات شده و فعالان اقتصادی را برای برنامه‌ریزی آینده در حوزه تجارت مردد ساخته است.سازمان تامین‌اجتماعی که در حدود ۵۲ درصد از بیمه کشوری را تحت پوشش دارد نیز وضعیت مناسبی ندارد و بعد از ۶ ماه هنوز وزیر کار تکلیف رئیس آن را مشخص نکرده است. انتقادات بسیاری از جمله عدم تناسب عملکرد این سازمان با بافت اجتماعی کشور و عدم تدوین به موقع آیین‌نامه‌‌ها و قوانین لازم بر این سازمان وارد است. البته انتخاب فردی شایسته و لایق که سکاندار سازمان تامین‌اجتماعی شود آن هم با مشکلاتی همچون ورشکستگی و بدهی میلیاردی به دولت کار بسیار دشواری خواهد بود. چنانچه سرپرستان فعلی این دو سازمان توانسته‌اند در راستای منافع ملی و براساس تجربه و دانش فنی و علمی که دارند؛ گام بردارند، چرا وزرای صمت و کار حکم ریاست ایشان را ابلاغ نمی‌کنند؟یا اگر ایشان شرایط لازم را در دوره سرپرستی نداشتند چرا حکم آنها ملغی نمی‌شود؟ محدود بودن اختیارات اجرایی و عملیاتی فرد به‌عنوان سرپرست، انگیزه فعالیت و امکان برنامه‌ریزی کوتاه مدت و بلندمدت را برای پیشبرد مجموعه را از بین می‌برد. در رده‌‌های وزارتخانه‌‌های کشور عاملی که روند تصمیم‌گیری‌‌ها به ویژه در مقوله انتخاب روسای دستگاه‌‌های اجرایی را کند کرده است، دیدگاه مصلحت اندیشی و انتصاب سیاسی و غیرفنی در سطوح اجرایی و کاربردی است. به نظر می‌رسد وجود چنین فضایی از منافع گروه‌‌های خاص حمایت می‌کند؛ به ویژه آنکه انتخابات مجلس شورای اسلامی پیش روست و احتمال آن می‌رود که انتخاب روسای دستگاه‌‌های مذکور توسط وزرا، تحت تاثیر انگیزه‌‌های سیاسی و به دور از شایسته سالاری قرار گیرد. همچنین چند پاره بودن ساختار و تشکیلات نظام تامین‌اجتماعی و موازی کاری و همپوشانی سازمان توسعه تجارت با بانک مرکزی و گمرک، ضمن آنکه منجر به اتلاف منابع و عدم هدفمندی رفاه اقتصادی می‌شود، ماحصل اقدامات وزرای مربوطه را زیر سوال می‌برد. مجموعه عوامل فوق باعث ناکارآمدی نظام تامین‌اجتماعی و سازمان توسعه تجارت شده و عدم تعیین سریع روسای سازمان‌‌ها امکان برنامه‌ریزی و فعالیت بنگاه‌‌های اقتصادی را کند می‌سازد.