اما هم اکنون لایحه مالیات ارزش افزوده در کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی، بند به بند و با دقت در حال بررسی است که در نهایت پس از تصویب نهایی این لایحه در مجلس شورای اسلامی، جایگزین قانون فعلی مالیات ارزش افزوده خواهد شد، بنابراین وضعیت و جایگاه فعالیت‌های اقتصادی مناطق آزاد در این قانون برای سرمایه‌گذاران سرنوشت‌ساز است.  در ماده ۵۲ قانون فعلی مالیات ارزش افزوده، قانون مناطق آزاد از شمول قانون مالیات ارزش افزوده مستثنی شده و با عنایت به تبصره یک قانون چگونگی اداره مناطق آزاد که اشعار می‌دارد: «مناطق آزاد از تسهیلات و امتیازات قانون چگونگی اداره مناطق آزاد برخوردار است»، این‌گونه استنتاج می‌شود که فعالان اقتصادی در مناطق آزاد، از شمول پرداخت مالیات ارزش افزوده مستثنی هستند؛ موضوعی که رویه عملی سازمان امور مالیاتی در چند سال اخیر بوده است.  بدیهی است که در قانونی آتی لازم است ابهامات موجود در قانون فعلی مرتفع تا به این وسیله سرمایه‌گذاری‌ها و مراودات مالی با مناطق آزاد تسهیل شود؛ از جمله مواردی که در قانون فعلی مالیات ارزش افزوده دارای ابهام است، مفاد دو ماده ۷ و ۱۳ قانون فعلی است؛ زیرا در این دو ماده به‌صورت یکسان به خروج کالا با مبدا سرزمین اصلی به مقصد مناطق آزاد یا خارج از کشور نگریسته نشده است.  در ماده ۷ قانون فعلی و در تعریف صادرات، خروج کالا یا خدمت از مبدا سرزمین اصلی به مقصد مناطق آزاد یا ویژه اقتصادی یا خارج از کشور، صادرات برشمرده شده است، اما در ماده ۱۳ همین قانون فقط صادرات به خارج از کشور از پرداخت مالیات ارزش افزوده، خارج از شمول این قانون دانسته شده‌اند. 

در نتیجه اگر تولیدکننده در محدوده منطقه آزاد مبادرت به تهیه مواد اولیه، کالا یا خدمت از مبدا سرزمین اصلی کند موظف به پرداخت مالیات ارزش افزوده است و این مبلغ قابل استرداد نیست، اما در صورتی که برای تولید در محدوده منطقه آزاد، مبادرت به تهیه کالا یا خدمت از خارج از کشور کند، نیازی به پرداخت مالیات ارزش افزوده نخواهد بود و این موضوع، حمایت از کالا یا مواد اولیه داخلی محسوب نمی‌شود.  به این ترتیب است که بهای تمام شده کالای ایرانی که به مقصد منطقه آزاد ارسال می‌شود، بیشتر از کالای خارجی است که از خارج از کشور که به مقصد منطقه آزاد ارسال می‌شود. به‌نظر می‌رسد به منظور عمل در راستای اقتصاد مقاومتی لازم و ضروری است که این موضوع در کمیسیون اقتصادی مجلس موردتوجه قرار گیرد تا قانون آتی، حامی تولیدکنندگان ایرانی باشد. هم اکنون در لایحه پیشنهادی دولت درخصوص مالیات ارزش افزوده این موضوع در قالب بند الف ماده ۵ مورد اصلاح واقع شده و صادرات کالاها و خدمات به خارج از کشور یا به مناطق آزاد تجاری – صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی از طریق مبادی خروجی رسمی با ارائه پروانه سبز گمرکی صادره از سوی گمرک یا برگ خروجی (در مورد صادرات کالا) و اسناد و مدارک مثبته (در مورد صادرات خدمات) از پرداخت مالیات معاف شده‌اند و مالیات خرید نهاده‌های آنها مسترد می‌شود.  اما لازم است در این برهه حساس تصمیم‌گیری و قانون‌گذاری در مجلس شورای اسلامی، توجه اعضای کمیسیون اقتصادی مجلس به این نکته معطوف شود که حمایت از تولیدات داخلی، حمایت از گردش چرخ‌های صنعتی در مناطق آزاد تجاری – صنعتی و حمایت از بالا بردن قدرت و توان رقابت تولیدکنندگان داخلی در مقابل رقبای خارجی، با کاهش هزینه نهایی مصرف‌کننده امکان‌پذیر خواهد بود و این مهم با اصلاح قانون فعلی امکان‌پذیر است.