او در هنگام اقامت در این شهر، در درس میرزا ابوالمعالی کلباسی، جهانگیرخان قشقایی و آقانجفی اصفهانی، در دانش‌های علوم فقه، اصول، کلام و فلسفه حاضر شد. در سال ۱۲۶۵ش برای ادامه تحصیلات، عازم حوزه علمیه نجف شد و بعد از توقف کوتاهی در آنجا، راهی سامرا شد که به واسطه حضور میرزا حسن شیرازی، مرکزیت داشت. نائینی تا سال۱۲۷۵ه.ش نزد میرزای شیرازی، سیداسماعیل صدر و سیدمحمد فشارکی به تکمیل دانش‌های فقهی و اصولی پرداخت؛ حوزه سامرا، به‌طور کلی هم بنیان قوی اصول فقه را در اختیار نائینی قرار داد و هم اندیشه‌های سیاسی جدید را که با تلاش‌ها و ارتباطات سیدجمال‌الدین اسدآبادی در آن حوزه رونق داشت، نائینی را به سمت خود جلب کرد. وی در این شهر به واسطه نزدیکی به میرزای شیرازی، از مبارزات جنبش تحریم تنباکو مطلع شد و نخستین حرکت سیاسی خود را تجربه کرد. حوزه درسی میرزا، به‌طور کلی مبادی دینی نائینی را در طرح اندیشه‌های سیاسی شکل داد و وی براساس عمده‌ترین آموزه مکتب اصولی در تکیه بر عقل، توانست به اثبات دینی حکومت مشروطه نائل آید.

نائینی تا سال ۱۲۷۵ه.ش در سامرا بود و بعد از توقف دو ساله در کربلا، به نجف رفت و در حوزه درسی ملامحمدکاظم خراسانی از رهبران مشروطه حاضر شد. وقایع مهم مشروطه نظیر استبداد صغیر، و... در همان ایام اتفاق افتاد و نائینی به‌واسطه نزدیکی به آخوند خراسانی و دیگر رهبران، در متن وقایع قرار گرفت. او مشارکت خود در جنبش مشروطه‌خواهی علمای ایرانی را با نگارش رساله تنبیه‌الامه و تنزیه‌المله در سال۱۲۸۸ه.ش اعلام کرد. این رساله از همان اوان انتشارش، مورد توجه علما قرار گرفت و محمدکاظم خراسانی و عبدالله مازندرانی در راستای تایید محتوای آن، تقریراتی بر رساله نوشتند. اما حوادث بعدی مشروطیت و قتل مشکوک خراسانی موجب شد تا نائینی مدتی از سیاست کناره بگیرد و حتی در مقطعی از حیات خویش، دستور جمع‌آوری رساله را صادر کند.

از این پس، وی به پیروی از علمای سلف و سنت گذشته، به تدریس علوم فقهی روی آورد؛ اما با آغاز جنگ جهانی اول، به صحنه سیاست بازگشت و در انقلاب۱۹۲۰ عراق شرکت کرد و در ماجرای هجوم روسیه به شمال ایران در سال۱۲۹۱ه.ش در کنار علمای نجف برای حرکت به سمت ایران آماده شد. در این ایام بود که وی بعد از فوت میرزای شیرازی و شریعت اصفهانی، به‌عنوان مرجع تقلید مطرح شد.

نائینی در حین مبارزات عراق و به‌عنوان اعتراض نسبت به تبعید شیخ محمد خالصی، با جمعی از علمای شیعه رهسپار ایران شد و در محرم۱۳۰۲ه.ش وارد قم شد. اما پس از مدتی، راهی نجف شد و در نهایت در سن ۷۶سالگی در تاریخ ۲۴مرداد ۱۳۱۵ه.ش در این شهر درگذشت.

نائینی علاوه بر رساله تنبیه‌الامه و تنزیه‌المله، آثار و تالیفات دیگری نیز دارد که عبارتند از: حواشی على العروه‌الوثقی؛ رساله‌ای برای عمل مقلدین وسیله النجات؛ رساله الصلاه فی‌اللباس المشکوک؛ رساله فی احکام الخلل فی الصلاه؛ رساله نفی‌الضرر رساله فی التعبدی و التوصلی؛ رساله فی مسائل الحج و مناسکه؛ فهرست الحواشی علی العروه الوثقی: و مناسک حج.

 استدلالات فقهی نائینی در دفاع از حکومت مشروطه

نائینی از طریق قائل شدن استدلال‌های علمی- کلامی و توجیه منطقی برای حکومت مشروطه، راه خود را از دیگر علمای دینی جدا ساخت. وی از روی اعتقاد به درستی مشروطه و لزوم استقرار آن در جامعه و نه فقط برای رهایی از ظلم و بی‌عدالتی، به جنبش مشروطه پیوست. او همچون روشنفکران مدرن و اصلاح‌طلبان مذهبی غرب، به دفاع از حکومت مشروطه در مقابل حکومت استبدادی یا مطلقه برآمد و از طریق استدلال، به حمایت از مشروطه پرداخت. اما نکته‌ای که باید به آن توجه داشت این است که نائینی نظریه خود را به‌طور کلی در قالب سلطنت عنوان می‌کند، نه جمهوری که علت عمده این مساله را تا حدی می‌توان ناشی از دو عامل دانست: اول اینکه، وی به دفاع از مشروطیت و آزادی به‌طور اعم و انقلاب مشروطه به‌طور اخص می‌پردازد و رساله وی نیز سه سال بعد از پیروزی انقلاب مشروطه و برقراری مجلس نوشته شده است و لذا تخریب آنچه را که پیش آمده بود و به هر حال از رسمیت و مشروعیت قانونی برخوردار بود، صلاح نمی‌دانست. دوم اینکه، این مطلب را باید در زمینه‌های جامعه‌شناختی مساله دید. به‌طور کلی هرچند بعد از انقلاب مشروطه، شخص سلطان (شاه) از ارزش و اعتبار برخوردار نبوده است، اما در نوشته‌های سیاسی آن زمان، کمتر به طرح مساله حکومت جمهوری برای ایران برخورد می‌کنیم که تا حدودی نیز علت این امر را می‌توان در عدم آمادگی ذهنی مردم آن دوره دانست. به‌طور کلی هرچند مراجع و مجتهدانی چون آخوند خراسانی و عبدالله مازندرانی نقش بزرگی در حمایت از جنبش مشروطه‌خواهی ایرانیان داشتند، اما تلاش‌های فکری علامه میرزا محمدحسین نائینی با کتاب «تنبیه الامه و تنزیه المله» جلوه، تاثیر و نقش ویژه‌ای در این زمینه داشته است. دو مولفه «مرجعیت دینی» و «آرای سیاسی در دفاع از حکومت مشروطه» دلایلی بودند که نائینی را در عصر مشروطه مطرح کردند. نائینی را می‌توان نظریه‌پرداز حکومت مشروطه بر اساس آموزه‌های اسلامی دانست که درصدد بود تا در مخالفت با حکومت و آموزه‌های استبدادی با بهره‌گیری از آیات و روایات، به تاسیس نظری حکومت مشروطه دست یابد. به عبارتی دیگر «او تلاش کرد تا در محدوده نظریه حکومت جور مطروحه در مکتب شیعی، طرحی از توجیه شرعی اندیشه مشروطه‌خواهی عرضه کند.»

او هدفش را از نوشتن رساله فوق، آگاه کردن امت به ضرورت شریعت و پاک کردن و زدودن بدعت استبداد برمی‌شمارد. وی در این کتاب، مبادی مشروطه یا به تعبیری، حکومت قابل قبول در عصر غیبت را از دیدگاه شیعه بررسی و اثبات می‌کند و به اعتراضات مخالفان - به‌ویژه شیخ فضل‌الله نوری - و شبهاتی که متوجه اساس مشروطیت بود، پاسخ می‌دهد. رساله تنبیه‌الامه و تنزیه‌المله را به‌طور کلی می‌توان نخستین رساله منسجمی دانست که درباره مشروطیت نوشته شده است.

 بخشی از مقاله‌‌ای به قلم دکتر حسین رفیع- مجید عباس‌‌زاده مرزبالی