او در این راه با تمام وجود پا به میدان مبارزه گذاشت و تاوان سنگینی پرداخت. به‌طوری که در جریان به توپ بسته شدن مجلس، خانواده اش را از دست داد و به‌دنبال آن برای مدتی در خارج از کشور روزهای سختی را سپری کرد اما این مرد مصمم و خستگی‌ناپذیر تا دم مرگ به تلاش و فعالیت‌های علمی و مطبوعاتی پرداخت. او در راستای ایجاد جامعه آرمانی مورد نظرش به تلاش و تکاپو پرداخت و گام‌های بلندی در راستای روشنی‌بخشی به جامعه عقب‌مانده و استبداد زده‌اش برداشت. وی همزمان با شماره هفتم روزنامه مساوات، در کنار سیدمحمدرضا مساوات، به اداره این روزنامه پرداخت که از مشهورترین و انقلابی‌ترین روزنامه‌های صدر مشروطه در کنار روح‌القدس سلطان‌العلمای خراسانی و صوراسرافیل، میرزا جهانگیرخان صوراسرافیل بود. در این روزنامه مقالات تندی علیه محمدعلی شاه که با تمام وجود درصدد نابودی مشروطه بود، نوشته می‌شد و به‌صورت ریشخند و تمسخر و هتاکی با شاه برخورد می‌کردند.

این روزنامه، آرا و عقاید آزادى‌خواهان تندرو و گروه اجتماعیون عامیون (حزب سوسیال دموکرات)را انعکاس می‌داد. عین‌السلطنه به‌عنوان یک درباری، این گونه در مورد روزنامه مساوات اظهارنظر کرده است: «روزنامه مساوات که مدیرش سید محمدرضا شیرازی است به مراتب از این شب نامه‌ها بدتر می‌نویسد، یک آنارشیست سختی است که هیچ چیز جلوی او را نمی‌گیرد. از سر تا پای روزنامه فحش است و دروغ و بهتان به این و آن.» مقاله‌ای از روزنامه مساوات با عنوان «شاه در چه حالی است؟» با پرخاش صریحش به محمدعلی‌شاه، باعث توقیف روزنامه و تعقیب ناشر آن شد. این مقاله که در شماره ۲۱ روزنامه مساوات به قلم سیدعبدالرحیم خلخالی نوشته شد، کار هتاکی به محمدعلی‌شاه را به‌جایی رساند که تندترین الفاظ و عبارات را متوجه او کرد.

محمدعلی شاه بعد از انتشار شماره ۲۱ روزنامه مساوات و مطالب توهین‌آمیزی که علیه او نوشته شده بود، به عدلیه شکایت و دادگاه سیدمحمدرضا شیرازی، مدیرمسوول روزنامه مساوات را احضار کرد. شاه دستور داد تا در عدلیه وکیلش با سیدمحمدرضا شیرازی روبه‌رو شود و اگر وی نتوانست ادعاهای خود را ثابت کند، مجازات شود. شاهزاده مویدالسلطنه، محمدحسین‌میرزا، وکیل شاه بود. مساوات می‌خواست، ملک‌المتکلمین را وکیل خود قرار دهد. وقتی خبر محاکمه محمدرضا شیرازی در شهر تهران پیچید، انجمن‌های مسلح با محاکمه مساوات به مبارزه برخاستند و مدعی شدند، این محاکمه نشان می‌دهد که حادثه‌ای در شرف وقوع است و شاه درصدد کودتا علیه مشروطه است. مطبوعات به نیات شاه ابراز بدگمانی کردند و غوغایی در تهران به پا شد. از آن سوی عضدالملک، رئیس ایل قاجار،به منظور کاهش تنش پیش آمده از محمدعلی‌شاه خواست که از شکایت خود صرف‌نظر کند. شاه که از مدت‌ها قبل از روزنامه‌هایی چون صور اسرافیل و مساوات دل خوشی نداشت، در این مقطع زمانی صلاح را در عقب نشینی دید؛ بنابراین به عضدالملک اعلام کرد: «جناب عضدالملک تقصیرات مدیر مساوات هر قدر بزرگ باشد ولی مقام شما بزرگ‌تر است، توصیه شما را درباره او قبول کردیم، من بعد بسپارید از این‌گونه کارها نکنند.»

از مقاله‌ای به قلم ید‌الله حبیبی