شخصیت علمی و ادبی او باعث شد تا از ۴۳ سالگی شیخ‌الاسلام اصفهان شود و در پی انتقال پایتخت از قزوین به اصفهان از ۵۳ سالگی تا آخر عمر (۷۵ سالگی) منصب شیخ‌الاسلامی پایتخت صفوی را در دربار مقتدرترین شاه‌صفوی، شاه‌عباس بزرگ برعهده داشته باشد. تقسیم آب زاینده‌رود به محلات اصفهان و روستاهای مجاور رودخانه از جمله خدمات او بوده است. همچنین گرمابه‌ای ساخته که هنوز در اصفهان باقی است. طراحی منار جنبان اصفهان نیز که هنوز پا برجاست به او نسبت داده می‌شود. طرح‌ریزی کاریز نجف‌آباد-اصفهان به نام قنات زرین‌کمر، (یکی از بزرگ‌ترین کاریزهای ایران) نیز منسوب به او است. برخی مورخان طرح و تولید نان سنگک را کار او دانسته‌اند. بنا به روایتی شاه‌عباس برای رفاه حال طبقات تهی دست و لشکریان خود که غالبا در سفر احتیاج به نان و خورش موقت و فوری داشتند درصدد چاره برآمد. وی حل این مشکل را از «شیخ‌بهایی» خواست. شیخ‌بهایی با تفکر و تعمق تنور سنگکی را ابداع کرد. این اختراع که با دقت و هوشیاری طرح و عملی شده‌است به قدری کامل و دقیق است که پس از گذشت چند صد سال هنوز به همان صورت اولیه مورد استفاده قرار می‌گیرد.