نمایندگی این نهاد در ایران به دکتر تولوزان پزشک دربار ناصرالدین‌شاه واگذار شد.  در ۱۸۸۹م (۱۳۰۶ق) که بولتن آلیانس برای نخستین‌بار از «برپایی کمیته تهران» سخن راند، خبر از راه‌اندازی دو شاخه از آلیانس در شیراز و تهران داد. مدیریت شعبه تهران به ژوزف ریشار (مودب‌الممالک) پسر «ژول ریشار» معروف واگذار شد و در شیراز «دوکروآ» این مسوولیت را برعهده گرفته بود. در این سال‌ها ژوزف ریشار که چهل سالی در ایران زندگی کرده بود، در دارالفنون درس فرانسه می‌داد. برپایی کمیته با مشکل چندانی روبه‌رو نشد و در اواخر سال ۱۸۸۸م (۱۳۰۵ق) «پولز» کاردار سفارت فرانسه در تهران، از طریق دکتر تولوزان با انجمن مرکزی پاریس تماس گرفت تا بتواند کمیته و مدرسه تهران را به راه اندازد. دولت در آغاز کار با راه‌اندازی این مدارس مشکلی نداشت و مدرسه نیز برای پیشبرد کار خود و جلوگیری از مخالفت‌های احتمالی بسیاری از رجال، دولتمردان، سرمایه‌داران و بانکداران خارجی را به‌عنوان عضو رسمی یا افتخاری در کمیته‌ای که بودجه مدرسه، برنامه دروس و استخدام استادان را بررسی می‌کرد، پذیرفت. 

مدرسه به‌دلیل کارشکنی‌ها به‌ویژه مخالفت دو قدرت بزرگ انگلیس و روسیه نتوانست آن‌گونه که لازم است در مسیر آرمان‌هایش گام بردارد هرچند به مرور بر تعداد شعبات آن افزوده شد و بعدها آلیانس یهود نیز در ایران تاسیس شد، اما برخلاف آنچه برای فرانسوی‌سازی دانش‌آموزان مدنظر داشت، رفته‌رفته به‌دلیل عدم همراهی دولت ایران که در آستانه جنبش تنباکو درگیر مشکلات داخلی بود و از تغییر حمایت نمی‌کرد و همچنین مشکلات مالی زیادی که با آن دست به گریبان شد، به یک آموزشگاه فنی تنزل یافت. با این حال آلیانس نقش ویژه‌ای در تربیت شماری از روشنفکران ایرانی و الهامات آنان از فرانسه داشت. بعدها تعدادی از مدارس ایرانی در پیوند با آلیانس تاسیس شد، مانند مدارس لقمانیه و سعادت که در بازتولید آرمان‌های آلیانس و پیوند با فرهنگ فرانسوی نقش چشمگیری داشتند.