صیدمرادخان در سال ۱۱۹۳ه.ق با مرگ وکیل همراه علیمرادخان به عراق و تهران رفت و در جنگ شیراز در اواخر ۱۱۹۳ که منجر به شکست فرزندان صادق خان و محاصره یکساله شیراز شد شرکت داشت. با تصرف شیراز و قتل صادق خان و پسرانش، او در سال۱۱۹۵ به حکومت شیراز رسید و در تمام دوران سلطنت علیمرادخان حاکم شیراز بود. صیدمرادخان میان مردم محبوبیتی نداشت و به سوء رفتار و رذالت و مال‌دوستی و سختگیری شهرت داشت.میرزامحمد کلانتر فارس در خاطرات خود مکررا از صیدمرادخان به بدی یاد کرده است. مشهور بود که او ثروت فراوانی دارد که در دوران حکومت فارس از مردم و تجار و ایلات به زور گرفته بود و نیز می‌گفتند که بخشی از جواهرات سلطنتی وکیل در اختیار اوست. با مرگ علیمرادخان در ۱۱۹۹ و شروع سلطنت جعفرخان زمانی که شاه جدید از مقابل آقامحمدخان قاجار با شتاب از اصفهان فرار کرد و شکسته و درهم ریخته به فارس آمد، صیدمرادخان حاکم شیراز ابتدا قصد مقابله با او را داشت اما از آنجا که مردم و ایلات را با خود همراه ندید از در تسلیم درآمد و قلعه شیراز را به جعفرخان سپرد.

او در دوسال اول سلطنت جعفرخان جزو سرداران شاه جدید بود و شاه زند او را در سال بعد به لشکرکشی عراق برد و در جنگ‌های آن سال در رکاب او بود. صیدمرادخان و برادرانش هرچند در ظاهر با جعفرخان متحد بودند اما مشخص بود که مترصد فرصت هستند. در ۱۲۰۱ جعفرخان که در چند لشکرکشی شکست خورده بود و موقعیت متزلزلی داشت به‌طور ناگهانی صیدمرادخان و برادران و بسیاری از اقوامش را در شیراز بازداشت کرد و در یکی از برج‌های ارگ کریمخانی به زندان انداخت. کاپیتان فرانکلین انگلیسی که در این زمان در شیراز حاضر بوده می‌گوید صیدمرادخان را به شدت کتک زده و با شکنجه اموالش را ضبط کرده‌اند.به گفته فرانکلین مردم شیراز اعتقاد داشتند که او را به منظور ضبط ثروت زیادش دستگیر کرده‌اند.

حبس او و برادرانش مدت زیادی به طول انجامید. آنها کم کم موفق به سازش با عواملی در داخل ارگ و مستحفظین قلعه و زندان شدند و گویا کنیزانی که جزو اموال ضبط‌شده او بودند و در حرم شاه زند به کار گرفته شده بودند با عوامل توطئه همراه شدند و گفته شده که در زمستان سال ۱۲۰۳ در زمانی که لطفعلی خان پسر جوان و شجاع جعفرخان با قشون به بنادر رفته بود در شیراز موقعیت را مناسب دیدند و نیمه شب به خوابگاه شاه وارد شده و او را کشتند و سر از تنش جدا کردند. مهاجمان ۸ یا ۹ نفر بودند.شاهمرادخان و ویس مرادخان و یاری‌خان و جهانگیرخان برادران او و ابراهیم خان پسر اسماعیل خان زند از جمله آنها بودند. مدعیان جدید در روز بعد دروازه‌های ارگ را بستند. ایلات موافق جعفرخان که قتل او را باور نمی‌کردند ارگ را محاصره کرده و درگیری و تیراندازی ایجاد کردند.با انداختن سر بریده جعفرخان به میان جمعیت طرفداران او ناامید شده و کم و بیش به ناچار و با وعده و مواعید مال و مقام و در ظاهر با صیدمرادخان همراه شدند.

به این ترتیب صیدمرادخان بر تخت زندیه که در آن زمان به شدت از جانب آقامحمدخان قاجار در شمال کشور تهدید می‌شد، نشست و سلطنتش تا آمدن لطفعلی خان ۷۰ به قولی ۱۰۰ روز به طول انجامید. با آمدن شاهزاده از بوشهر در دالکی بدون اینکه جنگی واقع شود همه ایلات با او همراه شدند و شاهمرادخان برادر و سردار سپاه صیدمرادخان را دستگیر کردند و در شیراز نیز طرفداران لطفعلی خان با محوریت میرزاحسین وزیر و حاجی ابراهیم خان کلانتر و برادرانش بر صیدمرادخان شوریدند و او را در ارگ محاصره کردند. لطفعلی خان وارد شیراز شده و پس از دو روز آنها را دستگیر کرد.خان مخلوع اندکی بعد با تمام برادران و فرزندان و اقوامش به دستور شاه جدید کور شده و سپس به قتل رسید.