وقتی منظور از بودجه کنترل باشد، نظام طبقه‌بندی تنها بر طبقه‌بندی هزینه‌ها متمرکز می‌شود. در مرحله دوم، که بعد از بحران بزرگ اقتصادی آمریکا و در دهه ۱۹۳۰ و ۱۹۴۰ به آن پرداخته شد، اهمیت بودجه به‌عنوان وسیله‌ای برای بهبود مدیریت مطرح می‌شود. در واقع با افزایش فعالیت‌ها و ماموریت‌های دولت و متعاقب آن هزینه‌های دولت، صرف نگهداری حساب تعداد بی‌شماری موارد هزینه اهمیت خود را از دست داده و آنچه مطرح می‌شود حاصل نهایی فعالیت دولت و چگونگی تحصیل این حاصل بود. به عبارت دیگر، تمرکز از چگونگی مصرف اعتبار و کنترل منابع و ورودی‌های دولت یعنی اقلام هزینه‌ها و فهرست کارکنان دولت، به خروجی و محصولات کار تغییر کرد و بر طبقه‌بندی وظایف، فعالیت‌ها و فعالیت‌های فرعی به‌جای طبقه‌بندی اقلام هزینه پرداخت. در مرحله سوم، که از اواخر دهه ۱۹۵۰ آغاز شد، نقش بودجه در برنامه‌ریزی اقتصادی و اجرای برنامه‌ها و مدیریت عملکرد دولت مطرح شده‌است که نتیجه آن گرایش به نظارت بر پیامدها و نتایج خروجی‌های دستگاه‌های اجرایی است. در این نظام، خروجی‌های دستگاه‌های اجرایی براساس برنامه‌ای استراتژیک و مبتنی بر سیاست‌های کلان کشور تعیین و میزان اثرات هر یک از خروجی‌ها بر پیامدهای آن اندازه‌گیری و مدیریت می‌شود. سپس خروجی‌ها در قالب شاخص‌های قابل اندازه‌گیری تعریف می‌شود و حاصل آن با آنچه در بخش‌های دیگر دولت یا بخش‌خصوصی ارائه می‌شود، مورد ارزیابی و مقایسه قرار می‌گیرد. از الزامات این نظام، وجود شاخص‌های شفاف عملکردی، نظام‌های ارزیابی عملکرد، نظام انگیزشی، پاسخگویی و توسعه سیستم‌های اطلاعات مدیریتی است.

در ایران نیز اگرچه تلاش‌ها برای به‌کارگیری نظام بودجه‌ریزی مبتنی بر عملکرد از سال ۱۳۸۱ آغاز شده و طی سال‌های مختلف پژوهش‌های متعددی در این زمینه از جمله در سازمان برنامه و بودجه انجام گرفته است اما به‌‌رغم توجه ویژه‌ای که در سال‌های اخیر به دلیل شرایط بحرانی اقتصادی به این موضوع شده است، هنوز با حد مطلوب و هدف اصلی این نوع نظام بودجه‌ریزی فاصله داریم. به‌عنوان مثال، با توجه به گزارش منتشر شده توسط گروه ارزیابی مستقل بانک جهانی در رابطه با طبقه‌بندی برنامه‌ای برای بودجه‌ریزی مبتنی بر عملکرد، برنامه‌ها باید تا حد ممکن مبتنی بر نتیجه باشند. به این معنی که خروجی‌ها همانند محصولات در بخش‌خصوصی، باید به‌عنوان گروه‌های خدمتی تعریف شوند که به خارج دستگاه (دستگاه دیگر یا افراد خارج از آن مثل شهروندان) ارائه می‌شوند. همچنین برنامه‌ها باید مخارج با اهداف یکسان را در کنار هم قرار ‌دهند، چرا که همه آنها در نتیجه‌ای که قرار است با این هزینه‌کرد به آن دست یابند مشترکند. درحالی‌که در ایران برای مثال، دو سازمان بهزیستی و کمیته ‌امداد مخارج با اهداف یکسان را تحت برنامه‌هایی مجزا اجرا می‌کنند که این همپوشانی کارآیی را کاهش می‌دهد. همچنین، در یک سیستم بودجه‌ریزی برنامه‌ای، باید بتوان به‌صورت دقیق بر هزینه برنامه‌ها در طول سال نظارت کرد. در این راستا گزارش مذکور تاکید می‌کند که منابع (ورودی‌های) برنامه‌ها- برای مثال کارمندان یا تجهیزات- نباید بین چندین برنامه مشترک باشد مگر اینکه میزان استفاده هر یک از برنامه‌ها از این منابع مشترک به‌طور دقیقی قابل ثبت باشد تا معیارهای قابل اعتمادی از هزینه برنامه‌ها در سیستم حسابداری ایجاد شود. اگرچه ثبت و نگهداری این اطلاعات شاید سخت نباشد، اما نظارت و کنترل بر دقت آنها، اغلب زمانبر و هزینه‌بر است و در کشورهای با درآمد کم و سیستم‌های حسابداری ضعیف، چندان ممکن نیست.

در این شرایط، تعریف برنامه‌هایی با هزینه‌های پشتیبانی و منابع مجزا اهمیت مضاعف می‌یابد. این درحالی است ‌که در ایران، منابع بین برنامه‌های مختلف تقسیم می‌شوند و ثبت دقیقی از میزان مشارکت هر کدام از این منابع در هر برنامه نیز وجود ندارد. این موضوع عملا نظارت و کنترل بر این نوع هزینه‌ها را غیرممکن می‌سازد. به‌عنوان مثال، اسناد حسابداری حقوق و دستمزد به‌صورت تجمعی و برای چند برنامه صادر می‌شود. هرچند سهم هر برنامه با ذکر درصد هزینه در این اسناد ذکر می‌شود اما در حقیقت برنامه‌ها به گونه‌ای تعریف شده‌اند که مرز فعالیت نیروهای هر دستگاه در برنامه‌های مختلف مبهم است. یک نیرو به فراخور موقعیت و بدون پیروی از چارچوبی مشخص و قابل رصد، ممکن است بخش‌های مختلفی از زمان و نیروی خود را به برنامه‌های مختلف دستگاه اختصاص دهد.

موارد ذکر شده نمونه‌ای از کاستی‌های موجود در نظام بودجه‌ریزی حاضر است که ما را از اهداف اصلی شفافیت، پاسخگویی و قانونمندی دور می‌کند و افزایش اثربخشی و بهره‌وری را غیرممکن می‌سازد. از این‌رو، مرکز توانمندسازی حاکمیت و جامعه جهاد دانشگاهی، گزارش منتشر شده توسط گروه ارزیابی مستقل بانک جهانی در رابطه با طبقه‌بندی برنامه‌ای برای بودجه‌ریزی مبتنی بر عملکرد را برای درک اصول پایه‌ای طبقه‌بندی برنامه‌های مبتنی بر نتیجه ترجمه کرده است. چراکه بودجه‌ریزی برنامه‌ای گسترده‌ترین حالت از بودجه‌ریزی بر مبنای عملکرد است و در ایران نیز این شیوه انجام می‌شود. این گزارش همچنین به توضیح واقعیت‌های حسابداری و ساختار سازمانی که برای توسعه طبقه‌بندی مناسب برنامه‌ها باید در نظر گرفته شود، می‌پردازد.