سال ۹۳ سال خوبی برای امیر قلعه‌نویی نبود. قلعه‌نویی در لیگ سیزدهم در حالی که استقلال شانس قهرمانی داشت، با این تیم پنجم شد. در لیگ چهاردهم با وجود شروع خوب، استقلال روند نزولی پیدا کرد و با شکست مقابل پرسپولیس و کنار رفتن از جام حذفی نیم‌فصل اول را به پایان رساند. ناکامی‌های قلعه‌نویی با استقلال تنها روزهای بد این مربی نبود و او بیرون از مستطیل سبز، با شاگردان خود چون مهدی رحمتی، جواد نکونام، حسین کعبی و... درگیری لفظی پیدا کرد و کار به شکایت کشید. سخنان سرمربی استقلال را در این مورد با خبرگزاری تسنیم بخوانید:«یک روز پدر طرف می‌شویم، یک روز مرد هستیم ولی یک روز هم ۱۸۰ درجه نظرشان نسبت به من برمی‌گردد. خوشحالم آدم‌هایی که چند‌رو دارند ماهیت‌شان برای مردم مشخص می‌شود.» او به کسانی که از مکتب‌ها در استقلال سخن می‌گویند نیز این‌طور واکنش نشان می‌دهد:« از یکی از آنها معنی مکتب را پرسیدم که نتوانست آن را تعریف کند. این مسائل برای برخی‌ها دکان شده است. بازیکنی بوده که با خدابیامرز حجازی کار نکرده ولی از مکتب حجازی حرف می‌زند. اگر مکتب حجازی است چرا در زمان حیاتش با آن خدابیامرز کار نکردی؟ » خیلی‌ها می‌گویند قلعه‌نویی مافیای فوتبال ایران است. قلعه‌نویی در این مورد می‌گوید: «معمولا مافیا باید قدرت داشته باشد. الحمدلله رسانه ملی و مطبوعات علیه من هستند. درست برعکس است و اعتقاد دارم که این وسط مظلوم واقع شده‌ام و همه قدرت دست بقیه است. شما، مطبوعات و برنامه نود را ببینید، کدام یک از آنها از من تعریف و تمجید می‌کنند؟ این مقام‌هایی که کسب کرده‌ام را هر فرد دیگری به‌دست می‌آورد، مجسمه‌اش را می‌ساختند.»