اختلاف وزارت ورزش با فدراسیون فوتبال علنی شده است. کفاشیان رئیس این فدراسیون از علاقه وزارت به تغییرات در مجموعه‌اش خبردارد اما تذکر می‌دهد که این کار باید از راهش انجام شود: «در دوران ۷ساله مدیریتم همیشه دیده‌ام روسای ادارات ورزش و جوانان سعی داشتند که مدیران هیات‌های فوتبال را تغییر دهند، اما فوتبال اساسنامه خودش را دارد. وزارت ورزش به دنبال تغییرات است، اما فوتبال قوانین خودش را دارد و مجمع درباره آن تصمیم‌گیری می‌کند. من تابع وزارت ورزش هستم، اما آنها تابع تصمیمات و رای مجمع نیستند. من سیستمی را اداره می‌کنم که مجمع و قوانین خاص خودش را دارد.» او در بخش دیگری از صحبت‌های خود که با رادیو انجام می‌شد از رابطه نه چندان نزدیکش با وزیر ورزش خبرداد و اینکه وزیر او را حتی به حضور نمی‌پذیرد: «چندبار درخواست ملاقات دادم، اما به من وقت ندادند و ما تمام مکاتباتمان را از طریق معاونان ایشان به اطلاع می‌رسانیم، البته وزارت ورزش هم از طریق ارتباط با اعضای هیات رئیسه لابی می‌کنند و با فدراسیون رابطه دارند. فدراسیون فوتبال متعلق به مردم است و مالکیت آن برای رئیس فدراسیون و وزیر ورزش نیست. زمانی که دبیر کمیته ملی المپیک بودم می‌دیدم که به فدراسیون‌های مختلف بودجه می‌دهند. مهم نیست رئیس فدراسیون چه رابطه‌ای با مسوول بالادستی خود دارد، بلکه مهم این است که بودجه به فدراسیون‌ها پرداخت شود.»

گویا وزارت هم برای قهر خود دلیلی را به خود کفاشیان اعلام کرده است: «وقتی مرا به جلسات روسای فدراسیون‌ها دعوت نمی‌کنند، می‌گویند شما از وزارت ورزش تمکین نمی‌کنید! در حالی که فدراسیون فوتبال مجمعی دارد که ۷۵ عضو دارد و برای آن تصمیم می‌گیرد. فوتبال برای مردم است و دولت باید برای آن بودجه بدهد تا ما با صرف این بودجه برای فوتبال باعث خوشحالی مردم بشویم. در حال حاضر نیازمند بودجه هستیم تا چمن زمین کمپ و زیرساخت‌ها را بسازیم.»

او در ادامه در پاسخ به سوالی مبنی بر اینکه آیا دلیل مخالفت اصلی وزیر ورزش با فدراسیون به‌خاطر تمدید قرارداد کی‌روش است؟ گفت: «به نظرات وزیر احترام می‌گذارم، اما انتخاب مربی در حوزه اختیارات فدراسیون است و من هم نظر کارشناسان و هیات رئیسه را در این حوزه جویا شدم، البته نظرات وزیر هم کارشناسی بود، اما مردم کی‌روش را می‌خواستند.» او درپاسخ به این سوال که آیا محمود اسلامیان را کفاشیان آورده که رابطه‌اش با دولت خوب شود گفت: «مردم و خبرنگاران خیلی باهوش هستند!من دیگر چه بگویم؟»

وی درپاسخ به این سوال که آیا با شرایط موجود و قهر وزارت ورزش با او برای دور بعد کاندیدای ریاست فدراسیون می‌شودیا نه حاضرنشد جواب روشنی به این سوال بدهد: «در حال حاضر نمی‌توانم بگویم. باید ببینم کاندیداها چه کسانی هستند. اگر افراد خوب و قوی در فوتبال باشند مجمع نفع فوتبال را می‌بیند. اگر وزارت ورزش هم افرادی دارد باید از الان برنامه‌ریزی کند.»