درحالی‌که باشگاه استقلال خوزستان با مشکلات مالی بزرگ دست به گریبان است، اداره کل ورزش این استان نیز حاضر به اداره این باشگاه نشده تا کماکان مشکلات آنها پابرجا باشد. افشین حیدری، مدیرکل ورزش و جوانان خوزستان در مورد قبول نکردن این باشگاه گفت: «من اعلام کرده‌ام که نمی‌توانم عضو هیات‌مدیره باشگاه استقلال خوزستان باشم ولی حمایتم را از این تیم به‌عنوان یک باشگاه ریشه‌دار و مردمی در چارچوب قانون دارم، ضمن اینکه باشگاه‌های استقلال خوزستان، فولاد و نفت آبادان برای ما یکی هستند و هیچ تفاوتی ندارند. در حال حاضر استقلال خوزستان در اختیار گروه ملی است و به اداره‌کل ورزش و جوانان خوزستان انتقال پیدا نکرده است.»