مشکل مالیات قرارداد علی دایی با پرسپولیس در سالی که سرمربی این تیم بوده است حالا به چالشی مهم میان او و این باشگاه تبدیل شده است و پرونده در ارکان قضایی فدراسیون در جریان است. دایی مدیران این باشگاه را مسبب این اتفاق می‌داند: «متاسفانه همیشه گفته‌ام که آقایان شاغل در باشگاه پرسپولیس برای خودشان ارزش قائل نمی‌شوند نه اینکه فکر کنند برای من ارزش قائل نشدند. آنها در دو سال جواب ١٣ نامه ما را ندادند. آنها جواب اداره مالیات را هم ندادند و باعث شدند حسابم مسدود شده و اتومبیل‌هایم توقیف شوند. بعد از رفتن من از باشگاه پرسپولیس این باشگاه باید طبق قراردادی که با هم داشتیم مالیات من را پرداخت می‌کرد اما این کار را انجام ندادند.»

او مدعی است بارها با این باشگاه مکاتبه کرده به این امید که جوابی از ایشان بگیرد اما خبری نشده. دایی به خبرگزاری فارس می‌گوید: «بارها به مدیران باشگاه نامه زدم اما توجهی به نامه‌هایم نکردند. حتی یک بار هم جوابی به نامه‌های ما ندادند. در طول زندگی‌ام سابقه نداشت که حسابم مسدود شود اما به لطف آقایان این اتفاق رخ داد. حالا شما در نظر بگیرید در همه این سال‌ها بابت پرداخت به موقع مالیاتم بارها و بارها مورد تقدیر مسوولان اداره مالیات قرار گرفتم. این در حالی است که هنوز چک مالیات سال ۹۳ در دست من است و نقد هم نشده است.» او با توجه به تمام این برخوردها و رفتارها خود را برای شکایت محق می‌داند: «به نظر شما من نباید برای رسیدن به حقم شکایت کنم؟ این را در نظر بگیرید که به ۱۳ نامه من پاسخی داده نشد.

آقایان همه چیز را به شوخی گرفته‌اند. این مسائل متاسفانه در مورد بسیاری از دوستان و بازیکنان سابق هم رخ داده که این یک توهین آشکار به افرادی است که در تیم بزرگ و پر‌هوادار پرسپولیس کار کرده‌اند. اینها متاسفانه این کارها را کردند و من این مسائل را از چشم پرسپولیسی‌ها نمی‌بینم. عده‌ای به باشگاه آمده‌اند که میهمان هستند و امروز هستند و فردا نیستند. این افراد متاسفانه اکثر مواقع پشت نام بزرگ پرسپولیس و هواداران مخفی می‌شوند. دوران آنها هم روزی تمام می‌شود و آنها هستند که این مسائل را به‌وجود آوردند.» به‌نظر می‌رسد ابعاد این پرونده که گویا عددی میلیاردی دارد قطعا برای هر دوطرف تبعات سنگینی خواهد داشت و بعد از ژوزه، علی دایی هم دیگر مربی این باشگاه است که بعد از جدایی اسیر یک پرونده پیچیده مالی شده است. پرونده‌ای که خود دایی هم باور ندارد به این راحتی‌ها امکان حل‌وفصل آن باشد: «گرهی که خیلی راحت می‌شد با دست باز کنیم را به جایی رساندند که با دندان هم نمی‌شود آن را باز کرد.

همه این کارها را مسوولان باشگاه پرسپولیس کردند.» دایی البته از سوی هواداران باشگاه به‌خاطر پیگیری این موضوع و شکایت از باشگاهشان با انتقاداتی مواجه شده است، او اما می‌خواهد سندی رو کند که نشان از بی‌تقصیری اش دراین ماجرا دارد: «اگر مردم بخواهند، نامه‌ای که با دستخط خودم نوشتم را منتشر می‌کنم تا ببینید علی دایی چطور از همه چیز گذشت و دنبال چیزی نبود و فقط دنبال گرفتن حق طبیعی‌اش بود. آن هم صد و خرده‌ای میلیون پولی بود که برای مالیاتم از جیب خودم پرداخت کردم. متاسفانه‌ آنها این کار را انجام ندادند و هم خودشان و هم من را در این چالش بزرگ انداختند.»