پس از اینکه کمیسیون اصل ۹۰ در گزارشی تحت عنوان پرونده فساد در فوتبال اتهاماتی را به فدراسیون فوتبال و زیرمجموعه‌اش نسبت داد، این فدراسیون نیز با تشکیل کمیته‌ای تحت عنوان روشنگری مسائل فوتبال کشور اقدام به تهیه پاسخ به گزارش اصل نود کرد.در این رابطه فدراسیون فوتبال با تهیه یک پاسخ مفصل در ۶۳ بند، پاسخ تک تک مواردی را که در گزارش کمیسیون اصل ۹۰ آمده بود با ذکر جزئیات داده است.اگرچه این جواب به‌صورت رسمی منتشر نشده است، اما خبرگزاری فارس فرازهایی از آن را روی خروجی خود قرار داده است. آنها در ابتدا به حضور شاه حسینی در تهیه این پرونده معترض شدند. رئیس سابق کمیته انضباطی فدراسیون که با اختلاف فدراسیون را ترک کرد؛در این رابطه فدراسیون فوتبال معتقد است که کمیسیون اصل ۹۰ از کارشناسی استفاده کرده که قبلا در فدراسیون فوتبال مسوولیت داشته و هم‌اکنون منتقد این تشکیلات است و این گزارش به نوعی مغرضانه بوده و فضای عمومی کشور و ذهن بیشتر نمایندگان مجلس را بی‌دلیل علیه فوتبال تحریک کرده است. همچنین فدراسیون فوتبال در پاسخ طولانی خود دانش و سطح آگاهی نگارنده گزارش را در هر ۵۰ و چند موردی که در جواب‌های خود آورده، زیر سوال برده و معتقد است فردی که این گزارش را نوشته نه آیین‌نامه‌ها را می‌دانسته و نه به اصول بین‌المللی اداره تشکیلات فوتبال آگاه بوده و نه به نحوه اداره باشگاه‌ها و فدراسیون‌ها اشراف داشته و به همین دلیل توصیه‌هایی که در انتهای گزارش کمیسیون اصل ۹۰ آمده تماما با استانداردهای بین‌المللی فوتبال در تعارض است چون گزارش مملو از آمارهای اشتباه، توصیه‌های غیرمتعارف و خارج از اصول این ورزش بوده است.