تنها اثر ثبت‌شده شجریان در فهرست ملی
اردیبهشت ۱۳۹۶ سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری دعای ربنا را با عنوان «ربنای شجریان؛ مثنوی در مایه افشاری» به شماره ۱۳۹۶ در فهرست ملی میراث فرهنگی ناملموس ثبت کرد و لوح آن، درحالی که این هنرمند نامدار در بستر بیماری و مراقبت بود به همایون شجریان اهدا شد. صدای شجریان همان‌طور که خودش نیز گفته بود جزئی از فرهنگ کهن ایران است؛ زهرا احمدی‌پور، رئیس اسبق سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری درباره دلیل انتخاب «ربنا» برای ثبت در فهرست ملی میراث ناملموس گفته بود: استاد شجریان یکی از سرمایه‌های ملی ایران است و سازمان میراث‌فرهنگی به‌دلیل علاقه و اهمیتی که مردم ایران برای ربنای ایشان قائل هستند و خاطراتشان در ماه مبارک رمضان با این نوای آسمانی گره خورده است، اهتمام خود را معطوف به ثبت این اثر در فهرست میراث ناملموس کرد.
ربنا شامل چهار دعا از آیات قرآن است که همه با عبارت ربنا آغاز می‌شوند. شجریان، ربنا را در دستگاه سه‌گاه خوانده و با مرکب‌خوانی سری به دستگاه‌ها و آوازهای دیگر ردیف موسیقی ایرانی از جمله آواز افشاری و گوشه عراق می‌زند و سپس به سه‌گاه برمی‌گردد. ربنا در آلبومی که محمدرضا شجریان با نام «به‌یاد پدر» ضبط کرده، منتشر شده است. محمدرضا شجریان گفته بود انگیزه اصلی‌اش از خواندن این دعا، تدریس آن به دو هنرجو بود و این اثر در یکی از استودیوهای رادیو ضبط شده است. او مبدع تعدادی ساز در موسیقی ایرانی هم بود. اردیبهشت ۱۳۹۰ نمایشگاهی در تهران برگزار کرد و از این سازها که «صراحی»، «شهر آشوب»، «ساغر»، «کرشمه»، «سبو» و «تندر» نام دارند، رونمایی کرد.
