در مورد رسیدگی و حسابرسی مالیاتی لازم به ذکر است رویکرد این سازمان در تدوین دستورالعمل‌‌‌‌‌‌ها، آیین‌‌‌‌‌‌نامه‌‌‌‌‌‌ها و بخشنامه‌‌‌‌‌‌های صادره آن حاکی از تاکید بر بهره‌‌‌‌‌‌برداری از اطلاعات مستند و حسابرسی بر مبنای دفاتر، اسناد و مدارک ابرازی یا به‌دست آمده و حتی‌‌‌‌‌‌الامکان عدم‌استفاده از نسبت سود ناویژه و سود فعالیت در تعیین درآمد مشمول مالیات مودیان است، بااین‌حال در مواردی از نسبت سود ناویژه به‌فروش (یا سود فعالیت) به‌عنوان یکی از شاخص‎های رسیدگی بهره گرفته می‌شود که به دلایل زیر با ضرایب تعیین درآمد مشمول مالیات مربوط به مالیات علی‌‌‌‌‌‌الرأس از نظر شکلی و کارکردی متفاوت است:

۱- نسبت سود ناویژه به‌فروش (یا سود فعالیت) براساس ابرازی مودی، فعالیت مشاغل مشابه در سامانه طرح جامع مالیاتی یا با توجه به اطلاعات موجود در پایگاه‌‌‌‌‌‌های اطلاعاتی سازمان تعیین می‌شود درحالی‌که ضرایب درآمد مشمول مالیات توسط کمیسیون ضرایب مالیاتی و در بسیاری از موارد براساس چانه‌‌‌‌‌‌زنی تعیین می‌شد، لذا روشن است که ساختار تعیین سود فعالیت با ضرایب مالیاتی متفاوت است.

۲- در ضرایب درآمد مشمول مالیات همانطور که از نام آن استنباط می‌شود برای تعیین درآمد مشمول مالیات به قرائن اعمال ضریب می‌‌‌‌‌‌گردید؛ درحالی‌که نسبت سود فعالیت کارکرد چندگانه‌‌‌‌‌‌ای دارد به‌طوری که برای مثال در برخی موارد برای محاسبه بهای تمام‌شده کالا و خدمات مربوط به آن بخش که مدارک مربوط به آن ارائه نشده‌است، مورد‌استفاده قرار می‌گیرد.

همچنین در صورت عدم‌ارائه تمام مدارک هزینه‌‌‌‌‌‌ای، هزینه‌های قابل‌قبول مودی با درنظر گرفتن نسبت سود فعالیت تعیین می‌شود و صرفا در موارد کتمان فعالیت است که با درنظر گرفتن نسبت سود فعالیت، درآمد یا ماخذ مشمول مالیات برای فعالیت کتمان‌شده تعیین می‌شود. بدیهی است در این حالت نیز با توجه به کتمان فعالیت توسط مودی، هزینه‌های مرتبط با آن (از جمله خرید یا بهای تمام‌شده) هم کتمان شده‌است، بنابراین استفاده از نسبت‌های سود برای تعیین مأخذ مشمول مالیات با هدف درنظر گرفتن هزینه‌های مرتبط با فعالیت کتمان شده‌است، این موضوع با هدف اجرای عادلانه قوانین مالیاتی انجام می‌شود. به بیان دیگر در صورت عدم‌پیش‌بینی سازوکار فوق برای مودیانی که تمام یا بخشی از تکالیف خود را انجام نمی‌دهند، درآمد مشمول مالیات به‌دست آمده رقم بالایی خواهد بود که ممکن است با درآمد و سود واقعی مودی اختلاف زیادی داشته باشد.

موضوع بعدی که باید مورد‌توجه همگان قرار گیرد این است که با عنایت به حساسیت و اهمیت فرآیند دادرسی مالیاتی در حفظ حقوق مودیان، سازمان امور مالیاتی کشور با رویکرد توسعه عدالت مالیاتی، همواره اهتمام ویژه‌ای به رعایت دقیق قانون در این حوزه داشته است.

به‌طور خاص و در اجرای ماده‌۲۴۴ اصلاحی قانون مالیات‌های مستقیم (ق.م.م) موضوع ماده «۵۰» قانون مالیات ارزش‌افزوده مصوب ۰۲/ ۰۳/ ۱۴۰۰ که از تاریخ ۱۳/ ۱۰/ ۱۴۰۰ اجرایی شده‌، این سازمان تلاش کرده‌است تا با انجام اصلاحات ساختاری در حوزه دادرسی مالیاتی و تفکیک تمامی فرآیندهای مدیریت دادرسی مالیاتی (از سطوح راهبردی تا فعالیت‌های اجرایی جاری) از سایر امور مالیاتی، بستر تحقق کامل اصل استقلال و بی‌طرفی و اجرای عدالت (وفق تبصره‌۸ ماده‌قانونی فوق) را فراهم سازد. علاوه‌بر این اصلاحات ساختاری در مورد رویه‌ها و فرآیندهای کاری نیز اجرای کامل قانون جدید مورد تاکید بوده‌است.

در این راستا به‌طور خاص، نظارت مستمر بر رسمیت تشکیل جلسات با حضور هر سه نماینده، انشای رای توسط حقوقدانان حاضر در جلسه (نمایندگان موضوع بند‌۲ ماده‌۲۴۴ ق.م.م) و نیز ثبت دقیق نظر اقلیت حاضر در جلسه در آرای صادره از جمله اقدامات مهم برای حصول اطمینان از افزایش کیفیت آرا و حفظ حقوق مودیان بوده‌است، بنابراین برخلاف آنچه در مطلب مذکور در روزنامه «دنیای‌اقتصاد» آمده است، نماینده سازمان امور مالیاتی کشور در جایگاه مساوی با سایر نمایندگان در جلسه هیات حاضر می‌شود و تمامی نمایندگان موردنظر مطابق قانون در جریان رسیدگی به پرونده و صدور رای تاثیرگذار هستند.

در رابطه با تعامل با اتاق بازرگانی (به‌عنوان نماینده فعالان اقتصادی) و توجه به دیدگاه آنها در فرآیند دادرسی مالیاتی، توجه به این نکته ضروری است که براساس بند«۳» ماده‌۲۴۴ ق.م.م نمایندگان معرفی‌شده از سوی تمامی مراجع صنفی و حرفه‌ای مصرح در این بند‌قانونی، از جمله نمایندگان اتاق‌های بازرگانی در تمامی شهرهای کشور وفق قانون به‌عنوان نماینده مودی (در صورتی‌که مودی این مرجع خاص را به‌عنوان نماینده خود انتخاب کرده باشد) در جلسه هیات حاضر و در رسیدگی به پرونده و صدور رای مشارکت دارند. در حال‌حاضر بیش از ۶۵۰ نفر از سوی اتاق‌های بازرگانی سراسر کشور به سازمان امور مالیاتی معرفی شده‌اند و این سازمان برای آنها به‌عنوان نماینده هیات حل‌اختلاف حکم صادر کرده‌است، بنابراین نمایندگان اتاق بازرگانی نیز مانند سایر مراجع مصرح در قانون در چارچوب قوانین و مقررات امکان حضور در هیات‌های حل‌اختلاف مالیاتی، اظهارنظر و صدور رای را دارند و از سوی سازمان امور مالیاتی کشور هیچ خدشه‌ای به این حق قانونی وارد نشده‌است.

در پایان لازم به ذکر است که به‌منظور ایجاد بستری برای تسهیل انتخاب‌کنندگان مراجع صنفی و حرفه‌ای توسط مودیان، سامانه موضوع تبصره «۵» ماده‌۲۴۴ اصلاحی ق.م.م مراحل آزمایشی خود را طی کرده و اجرای سراسری آن در دستور کار سازمان قرار گرفته‌است. در عین‌حال تا زمان اجرای سراسری این سامانه تلاش می‌شود در تعیین مرجعی که نماینده مودی محسوب می‌شود تعامل لازم با مودیان به‌عمل آید و این مراجع با نظر مودی و با لحاظ کردن کامل نوع فعالیت مودی انتخاب شود.»