از سوی دیگر، نامناسب بودن ترکیب و تنوع محصولات صادراتی، سهم قابل‌‌‌توجه تجارت غیررسمی و قاچاق، توزیع نامتوازن سود و ارزش‌‌‌افزوده در فعالیت‌‌‌های اقتصادی، محدودیت در زیرساخت‌‌‌هایی نظیر برق، گاز و آب، ضعف شدید در تامین نقدینگی تولید و صادرات، بازدهی بالای بازارهای غیرمولد و هدایت نقدینگی به این بازارها، عدم‌توازن سرمایه‌گذاری در رشته‌فعالیت‌‌‌ها و مناطق و همچنین پایین بودن سطح تحقیق و توسعه در فعالیت‌‌‌های تولیدی از دیگر مشکلات بخش صنعت، معدن و تجارت است.

در این گزارش تاکید شده است که مسائل بخش صنعت، معدن و تجارت سال‌ها انباشته‌ شده و پیچیدگی بالایی دارند، بنابراین راه‌‌‌حل‌‌‌های جزئی و تدریجی و بهبودهای موضعی ایجادشده، معمولا باعث به‌‌‌هم‌‌‌ریختگی بیشتر و ایجاد مسائل جدید می‌‌‌شوند. مسائل این بخش با بینش (پارادایم) فعلی حل‌‌‌ نشده‌اند و باید با رویکردی جدید به دنبال راه‌‌‌حل‌‌‌ها بود.

راهبردهای بخش صنعت، معدن و تجارت برای حرکت از وضعیت موجود به وضعیت مطلوب عبارتند از: گسترش اقتصاد دانش‌‌‌بنیان، تنظیم سودآوری فعالیت‌‌‌ها، ارتقای توانمندی و هم‌‌‌افزایی کسب‌وکارها، گسترش تعاملات بین‌المللی و اصلاح حکمرانی بخش صنعت، معدن و تجارت. این راهبردها، مهم‌ترین تغییراتی هستند که باید رخ دهند. براساس این گزارش، سازوکارهای بخش صنعت، معدن و تجارت باید در راستای این راهبردها به‌‌‌طور کامل بازنگری شوند. طی دهه گذشته کمتر به اصلاح و توسعه سازکارها پرداخته شده است؛ در حالی که برای حل مسائل اساسی این بخش و با توجه به تحولات موردنیاز در فضای کسب‌وکار، باید سازوکارهای نوینی طراحی شوند و استقرار یابند. با اصلاح سازوکارها، همگرایی و هم‌‌‌افزایی کسب‌وکارها در راستای دستیابی به اهداف، افزایش ‌‌‌یافته و همچنین ابزارهای موثری برای «اولویت‌‌‌گذاری، تنظیم و تسهیل فعالیت‌‌‌های اقتصادی و نظارت بر فعالیت‌‌‌ها» برای دولت فراهم می‌شود. با استقرار سازوکارهای نوین، حکمرانی نوین محقق شده و مداخله‌‌‌های حاکمیتی بهینه خواهند شد. وزارت صمت در این گزارش اشاره کرده که از نیمه دوم سال ۱۴۰۰ طراحی و استقرار سازوکارهای نوین آغاز شد که پیامدهای آنها تا حدی در متغیرهای تولید، اشتغال، تورم و صادرات نیمه دوم سال نمایان شد و در سال ۱۴۰۱ شاهد تکمیل کارکردهای آنها خواهیم بود. تغییر سازوکارها در نیمه دوم سال ۱۴۰۰ هم‌‌‌زمان با پیگیری امور روزمره و جاری وزارت صنعت، معدن و تجارت آغاز شده است. «تغییر ریل» با اصلاح سازوکارها همزمان با «تداوم فعالیت‌‌‌های جاری»، دشواری‌‌‌ها و پیچیدگی‌‌‌هایی دارد که از جمله آن می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

۱) با وجود شرایط ناپایدار (مانند تورم بالا)، تغییرات باید با سرعت و دقت بالا انجام شوند؛

۲) فرصت برای خطا و اصلاح مسیر بسیار اندک است؛

۳) اقدامات اصلاحی در دوران ‌گذار به‌‌‌طور ذاتی هزینه‎ها و چالش‌‌‌هایی در پی دارد که به آشفتگی موجود دامن می‌‌‌زند؛

۴) کمبود منابع به‌‌‌ویژه منابع انسانی و مالی، پیشرفت کارها را کند می‌کند.

در این گزارش با اشاره به یک‌نمونه از دستاوردهای سازوکارهای نوین در سال، ۱۴۰۰ به تنظیم بازار سیمان و فولاد اشاره شده است. با تکمیل و اعمال قواعد و روش‌های جدید در بورس کالا، قیمت این محصولات با افزایش نرخ ارز و محدودیت تامین گاز (برای واحدهای تولید فولاد) نه‌‌‌تنها افزایش نیافت، بلکه بدون قیمت‌گذاری دستوری و اعمال تعزیرات، قیمت‌ها کاهش یافت. البته در هفته‌‌‌های پایانی سال به دلیل افزایش شدید قیمت‌های جهانی، قیمت این محصولات کمی افزایش یافت که با اعمال عوارض توازن قیمت‌های خارجی - داخلی (عوارض پلکانی برای صادرات که در مراحل تصویب است) این مساله نیز کنترل خواهد شد. در این گزارش این نکته تاکید شده است که برای اجرایی‌شدن راهبردها و سازوکارهای نوین، بازآفرینی وزارت صنعت، معدن و تجارت در نیمه دوم سال ۱۴۰۰ آغاز شد  تا وزارت‌خانه از وضعیت جزیره‌‌‌ای خارج شده و به‌‌‌روز  شود.