در راستای تشویق و ترغیب حضور سرمایه‌گذاران در شهرک‌های صنعتی و مناطق ویژه اقتصادی برای سرمایه‌گذاری اشخاص حقوقی غیردولتی در واحدهای تولیدی، معدنی، خدماتی، بیمارستان‌ها، هتل‌ها و مراکز اقامتی گردشگری با مجوز سرمایه‌گذاری از مراجع قانونی ذی‌ربط که در این مناطق هستند در صورتی که از اول سال ۱۳۹۵ برای آنها پروانه بهره‌برداری صادر شده باشد یا قرارداد استخراج و فروش منعقد کرده باشند، تشویق‌های مالیاتی اعمال شدند. نحوه اعمال مالیات به نرخ صفر برای سرمایه‌گذاری اقتصادی در شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی به این شرح است که در یک دوره ۱۳ ساله مشمول معافیت مالیاتی از طریق محاسبه مالیات به نرخ صفر هستند. این قاعده مربوط به مناطق کمتر توسعه‌یافته است.

همچنین در این مناطق، مالیات سال‌های بعد از دوره ۱۳ ساله محاسبه مالیات با نرخ صفر تا زمانی که جمع درآمد مشمول مالیات واحد به دو برابر سرمایه ثبت و پرداخت شده برسد، با نرخ صفر محاسبه می‌شود و بعد از آن مالیات با نرخ‌های مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم محاسبه خواهد شد. نحوه اعمال مالیات با نرخ صفر برای شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی در سایر مناطق هم اینگونه است که در یک دوره هفت ساله مشمول معافیت مالیاتی از طریق محاسبه مالیات به نرخ صفر می‌شوند. همچنین نحوه‌ اعمال مالیات به نرخ صفر برای واحدهای مستقر در شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی که در سایر مناطق هستند به این‌گونه است که ۵۰ درصد مالیات‌های بعد از دوره هفت ساله محاسبه مالیات با نرخ صفر زمانی که جمع درآمد مشمول مالیات واحد معادل سرمایه ثبت و پرداخت شده شود با نرخ صفر درصد و ۵۰ درصد باقی‌مانده با نرخ‌های مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم محاسبه و دریافت می‌شود و بعد از آن نیز ۱۰۰ درصد مالیات متعلقه با نرخ‌های مصوب دریافت خواهد شد. سازوکار تشخیص مناطق کمتر توسعه‌یافته هم این‌گونه خواهد بود که فهرست مناطق کمتر توسعه‌یافته توسط هیات دولت و در برنامه‌های پنج ساله توسعه تعیین می‌شود. همچنین براساس اطلاعیه سازمان امور مالیاتی، چنانچه سرمایه‌گذاری‌های انجام شده با مشارکت سرمایه‌گذار خارجی با مجوز سازمان سرمایه‌گذاری و کمک‌های اقتصادی و فنی انجام شده باشد، به ازای هر پنج درصد مشارکت سرمایه‌گذاری خارجی به میزان ۱۰ درصد به مشوق مذکور به نسبت سرمایه ثبت و پرداخت شده و حداکثر تا ۵۰ درصد اضافه می‌شود. این معافیت شامل واحدهای تولیدی و معدنی مستقر در مناطق ویژه اقتصادی و شهرک‌های صنعتی واقع در شعاع ۱۲۰ کیلومتری مرکز استان تهران نمی‌شود. شرایط اعمال مالیات به نرخ صفر درصد اینگونه است که از اول سال ۹۵ از طرف وزارتخانه‌ها یا مراجع ذی‌ربط برای این واحدها پروانه بهره‌برداری صادر شده باشد یا اینکه قرارداد استخراج و فروش منعقد شده باشد. همچنین مؤدیان اظهارنامه مالیاتی شامل ترازنامه و حساب سود و زیان، دفاتر قانونی، اسناد و مدارک حسابداری خود را در موعد مقرر قانونی به سازمان مالیاتی تسلیم کنند. همچنین مؤدی درآمدهای خود را به‌طور کامل و شفاف به سازمان امور مالیاتی ابراز کند، زیرا مالیات با نرخ صفر درصد صرفا شامل درآمد ابزاری به جز درآمدهای اعمال شده است. معاون وزیر صمت و مدیرعامل سازمان صنایع کوچک و شهرک‌های صنعتی ایران روز گذشته اعلام کرد که از حدود ۱۰ هزار واحد صنعتی راکد مستقر در شهرک‌های صنعتی تا پایان امسال هزار و ۳۵۰ واحد دوباره به چرخه تولید بازمی‌گردند. محسن صالحی‌نیا در گفت‌وگو با «شاتا»، در مورد تعداد واحدهای جدیدی که به‌تازگی در شهرک‌های صنعتی راه‌اندازی شده‌اند، گفت: ۳۷ هزار واحد صنعتی مستقر در شهرک‌های صنعتی، جواز تأسیس و پروانه صنعتی دریافت کرده و درحال طی مراحل ایجاد هستند. برخی از این واحدها درحال خرید زمین، تسطیح یا ایجاد زیرساخت و برخی دیگر درصدد ساخت سوله، خرید و نصب ماشین‌آلات برای بهره‌برداری هستند. این واحدها نیز به تناوب، وارد چرخه تولید در شهرک‌ها و نواحی صنعتی می‌شوند که با احتساب ۴۵ هزار واحد صنعتی فعال قبلی، تعداد واحدهای فعال در شهرک‌های صنعتی به ۸۲ هزار واحد افزایش خواهد یافت.

او در مورد عمده‌ترین مشکل و عامل تعطیلی و کاهش ظرفیت تولید واحدهای مستقر در شهرک‌های صنعتی، گفت: در واحدهای تولیدی مستقر در شهرک‌های صنعتی که عوامل تولید در آن فراهم است و در زنجیره تأمین مواد اولیه و عرضه محصول در بازارهای داخلی و صادراتی مشتری مناسبی وجود دارد، مشکل اصلی «تأمین نقدینگی» است. این واحدهای تولیدی نیز در دو بخش قرار می‌گیرند؛ برخی از این واحدها کالای نهایی تولید می‌کنند که در بازار داخلی مصرف یا صادر می‌شود، اما کالاهای خیلی از واحدهای کوچک و متوسط، اقلام کالایی واسطه‌ای و میانی است که به‌عنوان ماده اولیه در زنجیره تأمین واحدهای صنعتی بزرگ مورد استفاده قرار می‌گیرد. ۷۰ درصد این واحدها که در آن مقدمات تولید فراهم است، با مشکل تأمین نقدینگی مناسب مواجه هستند و علت این امر نیز رشد هزینه‌های تولید در دو سال اخیر و افزایش سطح عمومی قیمت‌هاست.