۱- مشکلات تحریم‌‌‌ها: تحریم‌ها موجب شده تا حجم ترانزیت عبوری از کشور کاهش یابد. زیرا ترانزیت‌کنندگان به علت تحریم‌ها باید هویت ایرانی بارها را مخفی نگه دارند و برای این کار باید سوئیچ اسناد صورت گیرد. این اقدمات زمان حمل کالاها را افزایش داده و از طرفی هزینه حمل کالاها را نیز افزایش می‌دهد که تاثیر منفی روی موضوع ترانزیت دارد.

۲- نداشتن متولی واحد: این موضوع یکی از مهم‌ترین مشکلاتی است که بخش ترانزیت با آن مواجه است. یک کامیون ترانزیتی زمانی که وارد مرز می‌شود با اداره گمرک، سازمان پایانه‌ها، پلیس، شرکت نفت، اداره گذرنامه و مرزبانی سر و کار دارد. نبود یک متولی واحد در امر ترانزیت باعث شده تا هر کدام از این ارگان‌‌‌ها برای خود بخشنامه و مقرراتی صادر کنند که با سایر ارگان‌‌‌های ذی‌نفع منافات دارد. همین موضوع باعث تاخیر در روند ترانزیت کالاها شده است.

۳- بخشنامه‌‌‌های متناقض میان ارگان‌‌‌های تصمیم‌گیرنده: پیرو این موضوع هر کدام از این نهادها برای خود بخشنامه‌‌‌ای جداگانه دارند. برای مثال در موضوعات ترانسشیپمنت و تایم ترانزیت، اداره‌‌‌های گمرک و پایانه‌ها، هر کدام بخشنامه‌‌‌های متفاوتی دارند و نبود مرجع واحد تصمیم‌گیر در این زمینه، باعث شده تا زمان و هزینه افزایش یابد و تمایلی به ترانزیت کالا از ایران وجود نداشته باشد.

۴- مشکلات کریدورها: به علت مسائل موجود در مرزها، ترانزیت‌کنندگان با مشکل مواجه هستند؛ برای مثال کامیون‌‌‌ها مدتی است که در گمرک آستارا متوقف هستند. در حال حاضر بیش از ۵۰۰ دستگاه کامیون در مرزها متوقف بوده که در مجموع، سرمایه عظیمی از کشور را در کل مرزها شامل می‌شود. در حالی که همین کامیون‌‌‌ها باید در حال فعالیت باشند. این موضوع هزینه‌‌‌های زیادی را تحمیل می‌کند. به عنوان مثال کامیونی که می‌توانست دو سرویس بار حمل کند مجبور به حمل یک سرویس بار شده و همین موضوع کرایه‌‌‌های حمل را افزایش داده است.

۵- مشکلات تبادل ارزی در اخذ کرایه حمل: به علت تحریم‌‌‌ها، قطعی سیستم سوئیفت و عدم‌امکان تبادلات سیستم ارزی با سایر کشورها باید پول کرایه حمل از راه‌‌‌های دیگری انتقال یابد. این موضوع هزینه تمام‌شده دریافت کرایه حمل و هزینه ترانزیت را افزایش داده است. از طرفی به علت اینکه قیمت ارز ثبات نداشته و پیوسته نوسان دارد، تفاوت قیمت دلار باعث زیان بخش ترانزیت می‌شود.

۶- مشکل قطع سامانه اینترنتی ارگان‌‌‌هایی مانند اداره‌‌‌های گمرک و پایانه‌‌‌ها: قطعی هر کدام از این سامانه‌‌‌ها باعث معطلی بار در بنادر و مرزها شده و همین عامل موجب خواب کانتینر و پرداخت هزینه‌‌‌های دموراژ کانتینر توسط ترانزیت‌کننده شده و هزینه تمام‌شده ترانزیت را افزایش می‌دهد.

۷- عدم‌تجهیز گمرکات به فناوری روز دنیا: بعضی از مرزها و گمرکات تنها یک اسکن و باسکول دارند که پاسخگوی حجم بار خروجی نیست که موجب معطلی و خواب کامیون‌ها می‌شود. جا دارد امکانات بیشتری در محل مرزهای خروجی تدارک دیده شود تا در هزینه و زمان ترانزیت صرفه‌جویی شود.

۸- مشکل آموزش پرسنل: پرسنل گمرکات آموزش داده شوند و همچنین زمان شیفت کاری آنان طولانی‌‌‌تر شود. برای افزایش تردد کامیون‌‌‌ها در مرزهای خروجی باید شیفت‌‌‌های کاری را به دو یا سه شیفت افزایش دهند. افزایش امکانات مرزی موجب تردد بیشتر کامیون‌های ترانزیتی از مرزها خواهد شد. همچنین جا دارد پلیس راه در مسیرهای ترانزیتی بین‌المللی آموزش بیشتری داده شود تا مانع تردد کامیون‌‌‌های عبوری به علت عدم‌آشنایی با مدارک و اسناد بین‌المللی نشوند. زیرا زمان در ترانزیت بسیار حائز اهمیت است.

۹- ایجاد نهادی برای استیفای حقوق حمل‌ونقل و مشکلات تعزیرات و محاکم قضایی: این موضوع از آن جهت حائز اهمیت است که تا زمانی که حق و حقوق ترانزیت‌کنندگان ضایع شود، بتوانند با مراجعه به این نهاد در کوتاه‌‌‌ترین زمان ممکن آنها را از طرف مقابل مطالبه کرده و کمک حال آنها باشند و نقش راهنما را برای آنها داشته باشد. مثلا اگر پلمب یک کامیون به هر دلیلی مخدوش شود، گمرک از شرکت ترانزیت‌کننده شکایت کرده و مانع از فعالیت آن می‌شود. در حالی که هنوز مجرم بودن آن شرکت مشخص نشده است.

۱۰- مشکل نوسازی ناوگان: اخیرا وزارت صمت بدون نیاز به اسقاط، کامیون‌های وارداتی را ترخیص می‌کند. اما اشتباهی که در اینجا صورت گرفته این است که برای نوسازی ناوگان باید برنامه تدوین می‌‌‌شد و ابتدا اسقاط صورت می‌‌‌گرفت و بعد کامیون وارد می‌‌‌شد. در صورتی که ابتدا کامیون‌‌‌ها با صرف هزینه زیاد وارد مرزهای کشور شده و بعد قرار شده تا به ازای آن یک کامیون اسقاط شود.

۱۱- مشکل هزینه‌های بندری: برای تسهیل ترانزیت باید رویه‌‌‌های کاری تسهیل شده و هزینه‌‌‌ها کاهش یابند. متاسفانه شاهد هستیم که اخیرا هزینه‌‌‌های بندری نیز افزایش یافته در حالی که برای رونق ترانزیت باید قیمت‌ها کاهش یابند. شنیده‌ها حاکی از آن است که اخیرا هزینه‌‌‌های بندری تا ۸۰‌درصد افزایش یافته است. این موضوع با رونق ترانزیت منافات دارد.

۱۲- مشکلات بیمه‌ها: نرخ بیمه‌‌‌ها به صورت ارزی بوده و نرخ ارز نیز نوسان دارد، این موضوع باعث شده تا قیمت حق بیمه در اثر نوسان دلار افزایش یابد.