همین ویژگی موجب شد در سال ۱۳۸۷ به ‌عنوان آثار ملی ایران به ثبت رسیدند. این دو بنای تاریخی دارای معماری منحصر به فردی هستند، زیرا طرح‌های کاملا ایرانی از زیربنای فکری، ارتباط بین خط و معماری گرفته شده‌اند. از آنجا که معماری ایران باستان با خط میخی ارتباط مستقیم دارد، این دو کاخ نیز بر اساس خطوط هندسی قائم، افقی و عمودی که پایه مثلث، مستطیل و مربع دارد، بنا شدند. تمام حجم‌هایی که سالیان دور در این جزیره دیده می‌شد، ساخته شده از خطوط تند و تیز هندسی بود. گفته می‌شود، اسکلت ساختمانی از بتن آرمه است و این سبک معماری در هیچ کجای دنیا نظیر ندارد.

طی سالیان گذشته مسوولان مربوطه برنامه‌های متفاوتی برای نگهداری این کاخ‌ها داشته و در دوره‌هایی کلا به دست فراموشی سپرده شد تا اینکه در آخرین روز بهمن ۹۸ با دستور غلامحسین مظفری مدیرعامل سازمان منطقه آزاد کیش طرح مقاوم‌سازی و مرمت کاخ مرجان و الیت، به مسوولان مربوطه ابلاغ شد.مظفری با درکی درست از صنعت گردشگری در یک روز زمستانی همراه معاونان، مدیران و روسای ادارات این سازمان و مدیران عامل شرکت‌های تابعه و جمعی از مسوولان ادارات و نهادهای جزیره طبق رسم بازدید دوره‌ای که چهارشنبه هر هفته از پروژه‌های جزیره دارد، به بازدید این دو بنا رفت و طرح مقاوم‌سازی و مرمت آنها در دستورکار قرار گرفت تا به عنوان آثار ملی کشور به جاذبه‌های گردشگری تبدیل شوند.به دنبال این تصمیم، پیمانکاری که مورد تایید سازمان میراث‌فرهنگی باشد، شناسایی شده و به زودی فروش اسناد مناقصه مقاوم‌سازی و مرمت این مجموعه آغاز می‌شود، بعد از مقاوم‌سازی و مرمت کاخ مرجان، این مجموعه با کاربری فرهنگی و اقتصادی فعالیت خود را شروع می‌کند. به عبارتی با مرمت این مجموعه که دارای فضای مناسبی برای جذب گردشگری است، مجموعه‌های نوینی با کاربری‌های متنوع و مناسب در حوزه گردشگری تعریف می‌شوند.به گفته منابع آگاه آزمایش‌های بتن و مقاوم‌سازی سازه‌های مذکور با حضور پروفسور قدرتی و سه تیم کاری همراه انجام شده است.