۱- بافت جمعیتی: در سال‌های گذشته آمار صحیحی از جمعیت اتباع غیر مجاز در ایران منتشر نشده است. اما بر اساس برآوردهای نهایی جمعیت افغان‌ها در ایران بین ۵ الی ۸میلیون نفر تخمین‌زده می‌شود. جمعیت زیاد اتباع غیرمجاز باعث شده است که بسیاری از مشاغل به‌خاطر پرداخت حقوق کمتر و عدم پرداخت حق بیمه، به استخدام این افراد در بازار کار رو بیاورند. این موضوع در بلندمدت سبب شده است که در بسیاری از مشاغل نیروی کار افغانستانی جایگزین نیروی ایرانی شود و رسما بخشی از بازار کار را تصاحب کند. این در حالی است که اتباع غیر مجاز در ایران حتی در صورت اشتغال هیچ‌گونه مالیاتی به دولت پرداخت نمی‌کنند.

۲- استفاده از یارانه و انرژی ارزان: دولت ایران سال‌های متوالی سعی کرده است در حوزه برق، گاز، بنزین و گازوئیل یارانه مضاعف پرداخت کند؛ البته پرداخت یارانه با توجه به کسری بودجه بسیار بزرگ دولت در حال فشردن گلوی دولت ایران است. این در حالی است که جمعیت تخمینی ۵ الی ۸میلیونی اتباع غیر مجاز در حال استفاده از یارانه پرداختی انرژی دولت ایران هستند.

۳- یارانه نان: با توجه به اینکه نان جزء اصلی سفره خانوار ایرانی است، دولت ایران همواره سعی کرده است یارانه زیادی برای نان در نظر بگیرد. اما در حال حاضر، بافت جمعیتی اتباع افغانستانی در کشور و مصرف بالای نان آنها موجب شده است تا دولت بابت مصرف بسیار زیاد نان توسط اتباع بیگانه نگران باشد.

۴- استفاده از فضا و امکانات آموزشی کشور: در۱۰سال اخیر جمعیت ورودی اتباع افغانستانی به کشور موج تصاعدی داشته و در همین اثنا نرخ زاد و ولد در بین آنها بالا است. همین موضوع باعث شده است که جمعیت زیادی از اتباع افغانستانی در مدارس دولتی کشور مشغول به تحصیل شوند که موجب چالش‌‌های بسیاری در بخش آموزش کشور شده است. در برخی مناطق، جمعیت این اتباع به قدری بالا است که بیشتر فضای آموزشی مدارس دولتی در اشغال این افراد قرار گرفته است. البته ناگفته نماند که در مواردی والدین ایرانی به‌دلیل حضور غالب اتباع بیگانه  در  برخی مدارس از ثبت‌نام فرزندان خود در این مدارس خودداری می‌کنند؛ اما در برخی دیگر از موارد حتی فضای خالی برای ثبت‌نام برخی از دانش‌آموزان ایرانی مهیا نیست.

۵-جرم و جنایت: در ۵سال اخیر آمار جرم، جنایت، سرقت و تجاوز توسط اتباع بیگانه در کشور به شکل چشم‌گیری افزایش داشته است. همین سبب شده است که بخشی از بدنه دولت و حاکمیت در این خصوص ابراز نگرانی کرده و سعی در اتخاذ تصمیماتی برای کاهش چنین رخدادهایی انجام دهند.

۶- مباحث امنیتی: جمعیت اتباع افغانستانی در کشور به قدری روند تصاعدی داشته است که کنترل بخش امنیتی آن در زمان کنونی، یکی از بزرگ ترین معضلات کشور است. نباید از یاد برد احتمال نفوذ برخی از اتباع بیگانه با تفکرات بسیار تندرو در کشور دور از ذهن نیست و احتمال بروز حوادث امنیتی در کشور را افزایش خواهد داد. دقت کنیم که بسیاری از اتباع افغانستانی در کشور سرایدار مجتمع‌های بزرگ تجاری و مسکونی هستند و این به خودی خود می‌تواند احتمال وقوع موارد امنیتی را بالا ببرد. البته تا به امروز اشراف دستگاه‌های اطلاعاتی کشور به خوبی توانسته است از وقوع رخدادهای ناگوار جلوگیری کند.

۷- بهداشت: برخی از اتباع افغانستانی که وارد ایران می‌شوند ناقل بیماری‌های مسری هستند که موجب می‌شود بخش بهداشت و درمان کشور را درگیر کند.

جمع‌بندی: جمعیت رو به فزونی اتباع افغانستانی در ایران تا به حال و در آینده مشکلات عدیده‌ای را برای دولت و مردم ایران فراهم کرده و خواهد کرد؛ اما خروج یک‌باره اتباع غیرمجاز با این حجم جمعیت زیاد قطعا در کوتاه‌مدت ممکن نیست. شایسته است ابتدا مرزهای شرقی کشور برای ورود اتباع بیگانه به کشور تقویت شود سپس جمعیت اتباع غیر مجاز در کشور مورد پایش قرار گیرد و مقدمات خروج آنها حتی به‌صورت مرحله‌ای از کشور فراهم شود.