مسوول/  مسوولان مربوط در سازمان امور مالیاتی، باید حداکثر ظرف‌‌‌ ۴۵‌‌‌‌‌‌روز از تاریخ ثبت درخواست (اعتراض)  مؤدی ، به اعتراض وی ‌‌‌رسیدگی و نتیجه را به مؤدی اعلام کند. چنانچه مؤدی نتیجه رسیدگی مسوولان ذی‌ربط را پذیرفته و مراتب پذیرش خود را به اداره امور مالیاتی اعلام کند، پرونده از لحاظ درآمد/ ماخذ یا اعتبار مالیاتی، قطعی خواهد بود. در غیراین صورت، پرونده مؤدی برای رسیدگی به هیات حل اختلاف مالیاتی ارجاع خواهد شد. در مورد اعتراض مالیاتی موضوع ماده ۲۳۸ قانون مالیات‌‌‌های مستقیم و نیز ارجاع پرونده به هیات‌‌‌های حل اختلاف مالیاتی توجه به نکات زیر ضروری است:

- فارغ از زمان اعلام نتیجه توسط اداره امور مالیاتی، مؤدی در مهلتی که بیش از ۴۵ روز از زمان ثبت اعتراض اولیه وی نباشد، فرصت دارد نسبت به پذیرش یا عدم‌پذیرش نتیجه رسیدگی مجدد، اقدام کند.

- مواردی از اعتراض مؤدی که در مرحله اجرای مفاد ماده ۲۳۸ قانون مالیات‌‌‌های مستقیم مورد پذیرش مسوول/ مسوولان مربوط قرار گرفته است؛ در مراحل بعدی دادرسی مالیاتی، مورد رسیدگی مجدد قرار نخواهد گرفت.

- در اجرای مفاد دستورالعمل اجرایی موضوع تبصره ۱ ماده ۲۳۸ اصلاحی قانون مالیات‌‌‌های مستقیم، صرفا اعتراضاتی که از طریق پنجره واحد خدمات الکترونیکی تسلیم شوند به عنوان اعتراض قابل رسیدگی مجدد است. لیکن به منظور تسهیل فرآیند ثبت اعتراض و تکریم ارباب رجوع، صرفا تا تاریخ ۱۷/ ۰۲/ ۱۴۰۱، علاوه بر اعتراضات واصله از طریق سامانه، سایر اعتراضاتی که کمافی‌السابق از طریق پستی یا به صورت حضوری به اداره کل امور مالیاتی ارائه شده‌‌‌اند، نیز قابل رسیدگی مجدد هستند.