افزون بر این باراک اوباما، رئیس‌جمهوری سابق آمریکا به ترامپ هشدار داده بود که او را استخدام نکند. در گزارش بازرس رابرت مولر نیز آمده است که این هشدار باعث شد تا ترامپ نسبت به فلین دل‌چرکین شود. با این حال دونالد ترامپ در پیام توییتری مدعی شد: اکنون روشن شده است که ژنرال فلین مدت‌ها پیش از آنکه علنی شود، تحت بازجویی بوده است. برایم غیر ممکن بود چنین چیزی را متوجه شوم و اگر مهم بود، با توجه به اینکه من یکی از نامزدهایی بودم که ممکن بود رئیس‌جمهور شوم، پس چرا به من نگفتند تا تغییری به‌وجود آورم؟ گرچه به ترامپ مستقیما گفته نشد که مایکل فلین ممکن است جاسوس روسیه باشد و تحت بازجویی قرار دارد، اما نکته‌های دیگری وجود داشت که هشدار می‌داد فلین دردسرساز است و ترامپ ترجیح داد که آن  را نادیده بگیرد. فلین ۱۳ فوریه ۲۰۱۷ که مصادف با هفته‌های اولیه روی کار آمدن دولت ترامپ بود، به قدرت رسید و پیش از آن درباره مکالمه‌ای که با سرگئی کیسلیاک، سفیر وقت روسیه در آمریکا داشته است، مایک پنس، معاون رئیس‌جمهوری آمریکا را گمراه کرده بود. در گزارش مولر تمرکز زیادی روی روابط فلین با کیسلیاک شده و در آن آمده است: پیش‌تر اف‌بی‌آی تحقیقاتی را درباره فلین بر پایه روابط او با دولت روسیه آغاز کرد. تماس‌های فلین با کیسلیاک یکی از مولفه‌های اصلی تحقیقات بود. همچنین در ۱۸ نوامبر ۲۰۱۶ یکی از دموکرات‌های ارشد کمیته نظارت و اصلاحات مجلس نمایندگان آمریکا نامه‌ای به مایک پنس نوشت و از او اطلاعاتی درباره تضاد منافع کار لابی‌گری فلین برای ترکیه خواست. همچنین کریس کریستی، فرماندار سابق نیوجرسی که مدیر دولت انتقالی ترامپ شد، به شدت نسبت به انتصاب فلین برای این پست هشدار داده بود. رئیس‌جمهوری آمریکا جزو افرادی است که به ندرت مسوولیت اقداماتش را بر عهده می‌گیرد. در نمونه فوق، او اف‌بی‌آی را در این ماجرا مقصر قلمداد می‌کند. با این حال طرح این سوال جالب است که آیا اف‌بی‌آی حاضر است به فردی که نامزد پست ریاست‌جمهوری است بگوید آن فردی که کنار شما نشسته است، تحت بازجویی است و ممکن است جاسوس روسیه باشد؟