مساله حاکمیت بر جزایر سه‌گانه بدون شک مهم‌ترین مورد اختلاف در روابط میان امارات و جمهوری اسلامی ایران است. این در شرایطی است که ایران همواره به ابوظبی اعلام کرده جزایر سه‌گانه تنب بزرگ، تنب کوچک و ابوموسی متعلق به جمهوری اسلامی ایران بوده و خواهد بود و سابقه تعلق تاریخی این جزایر به ایران واقعیتی انکارناپذیر است. با این تفاسیر اخیرا در پی برافراشته شدن پرچم ایران در بخشی از جزیره ابوموسی، دولت امارات نسبت به این اقدام به سازمان ملل اعتراض کرد. امارات مدعی است که این قسمت تحت تفاهمنامه سال ۱۹۷۱ متعلق به این کشور است اما ایران در مقابل، امارات را به دخالت در امور داخلی خود متهم کرده است. به گزارش «ایسنا»، لانا زکی نسیبه، سفیر امارات در سازمان ملل درنامه‌ای به بان‌کی‌مون، دبیرکل سازمان ملل مدعی شد که دولت امارات نسبت به این اقدام به شدت معترض است و آن را نقض آشکار تفاهمنامه‌ سال ۱۹۷۱ می‌داند. او مدعی شد که این تفاهم‌نامه حق حاکمیت جزیره ابوموسی یا هر بخشی از آن را به جمهوری اسلامی ایران منتقل نمی‌کند. سفیر و نماینده امارات گفت که بر اساس این تفاهم‌نامه دولت متبوعش از ایران می‌خواهد تا همه اقدامات انجام شده خود را در این جزیره ملغی کرده و پرچم ایران را نیز از آنجا پایین بکشد و به تفاهم‌نامه مذکور به دقت بیشتری بنگرد. به نوشته خبرگزاری کویت، در پاسخ به این ادعای امارات، حسین دهقان، نماینده ایران در سازمان ملل طی نامه‌ای به بان‌کی‌مون با تاکید بر حق حاکمیت کامل ایران بر جزایر سه‌گانه گفت که تصمیمات و اقدامات مسوولان ایرانی در این خصوص همواره بر اساس اصل حاکمیت و سلامت منطقه‌ای جمهوری اسلامی ایران است. او تاکید کرد که محتوای نامه امارات به منزله دخالت در امور داخلی ایران به شمار می‌رود و ایران همواره قاطعانه با این امر مخالف است. دهقان تاکید کرد: «تهران همواره سیاست دوستی و حسن همجواری را با همه کشورهای منطقه در پیش گرفته است و در این راستا یک بار دیگر آمادگی‌اش را برای ورود به مذاکرات دوجانبه با دولت امارات به منظور ادامه تقویت روابط دوجانبه و از بین بردن سوءتفاهمات موجود میان دو کشور اعلام می‌دارد.» او همچنین بر حق حفظ اراضی و حاکمیت ایران بر جزایر سه‌گانه و غیرقابل مذاکره بودن آن تاکید کرد.

در واقع بحث برسرحاکمیت جزایر سه‌گانه تنب‌بزرگ، تنب‌کوچک و ابوموسی سال‌ها است که عامل تنش و مناقشه میان ایران و امارات متحده عربی است، به‌گونه‎ای که هر از گاهی شاهد تکرار این ادعاهای بی‌اساس از سوی مقامات اماراتی درباره مالکیت بر این جزایر هستیم. امارات متحده عربی بارها مالکیت سه جزیره‌ ابوموسی، تنب بزرگ و تنب کوچک که از دیرباز بخشی از ایران بوده را مدعی شده است. این جزایر در سال ۱۸۰۰ میلادی به‌طور موقت به دست بریتانیا افتاد اما در ۳۰ نوامبر سال ۱۹۷۱ به واسطه یک روند قانونی که به تشکیل امارات متحده عربی به‌عنوان یک کشور مستقل انجامید، مالکیت آن به ایران بازگشت.