ایسنا نوشت: جعفر توفیقی که سرپرست وزارت علوم بود به زودی این سمت را تحویل وزیر جدید خواهد داد و از هم اکنون این سوال مطرح شده است که توفیقی به کجا خواهد رفت. به گزارش «ایسنا»، کیهان که از ابتدای معرفی توفیقی به عنوان سرپرست وزارت علوم، به انتقاد از او پرداخته است در جدیدترین مطلب خود علیه توفیقی نوشت: «فتنه‌گران و افراطیون درصدد نفوذ دادن سرپرست ناکام وزارت علوم به شورای عالی انقلاب فرهنگی هستند. نقش جعفر توفیقی در فتنه سال ۸۸ و عملکرد افراطی وی در مدت سرپرستی وزارت علوم باعث دافعه‌های شدید در میان نمایندگان مجلس شده بود و عدم اعتماد نمایندگان به وی در صورت معرفی شدن به مجلس تقریبا قطعی به نظر می‌رسید. به همین دلیل هم به جای توفیقی، فرجی دانا به مجلس معرفی شد و البته گفته می‌شود توفیقی نقش بولدوزر را در برخی عزل و نصب‌ها ایفا کرد. اکنون خبر می‌رسد که افراطیون در تلاشند توفیقی را به عنوان «دبیر» به شورای عالی انقلاب فرهنگی و رییس‌جمهور تحمیل کنند. به نظر می‌رسد وقوع چنین اشتباهی از سوی دکتر روحانی - ولو تحت فشار شدید افراطیون باشد - باعث بی‌اعتمادی مجلس و سایر نهادهای حاکمیتی خواهد شد ضمن اینکه افراطیون را در فهرست طلبکاری‌هایشان گستاخ‌تر می‌کند.»