وزیر اطلاعات دوره سازندگی در یک گفت‌و‌گوی تلویزیونی درباره زوایای پنهان پرونده قتل‌های زنجیره‌ای و پرونده میکونوس توضیح داد. به گزارش خبرگزاری خبرآنلاین فلاحیان در برنامه شناسنامه گفت: وزیر اطلاعات دولت سازندگی در مورد حرف و حدیث‌هایی که راجع به فعالیت‌های این وزارتخانه در زمان وزارت وی مطرح بود هم گفت: «دوران سختی بود چون هنوز جنگ نهایی نبود و کشور نه در حال جنگ بود و نه صلح. منافقین هم هنوز فعال بودند و مشکلات اجتماعی زیادی به خاطر جنگ وجود داشت. کشور باید بازسازی و نوسازی می‌شد و از طرف دیگر یکی از مسائل گروهکی و اختلافی وجود داشت. با این تفاسیر در آن ایام نقش وزارت اطلاعات و تنوع کاری آن خیلی زیاد بود.» وی ادامه داد: «یک مقدار از صبحت‌هایی که در مورد فعالیت‌های اقتصادی وزارت اطلاعات می‌شد تبلیغ دشمنان بود و بخش دیگری از آن کار دوستانی بود که به‌طور کامل نسبت به وظایف وزارت اطلاعات آگاهی نداشتند. مثلا وقتی ما بخواهیم یک فساد اقتصادی را بر ملا کنیم، باید در پوشش فعالیت اقتصادی به موضوع نزدیک شویم. در آن زمان چون حجم کار بالا بود، دشمنان تبلیغات زیادی علیه ما انجام دادند. مخالفان داخل و خارج هم فعال بودند.» علی فلاحیان در مورد دادگاه میکونوس گفت: «تنها چیزی که این دادگاه به آن استناد می‌کرد شهادت ضد‌انقلابی به نام مصباحی بود که فرار کرده بود. بعد از او هم بنی‌صدر آمد و صحبت‌هایی انجام داد. از این دست اتفاقات زیاد افتاده است. مثلا در مورد دادگاه آمیا که در اواخر دوره من اتفاق افتاد، اسرائیلی‌ها اصرار داشتند که ایران مسوول این حادثه است.» وی ادامه داد: «اسرائیلی‌ها هیچ مدرکی در مورد ادعای خود نداشتند. آقای سلیمان‌پور (سفیر ایران) که درگیر این پرونده بود را در انگلستان دستگیر کردند، اما پلیس اینترپل دید آرژانتین مدرکی برای ارائه ندارد او را آزاد کرد.» علی فلاحیان در بخش دیگری از مصاحبه تلویزیونی خود در پاسخ به این سوال که نظر صریحتان در مورد سعید امامی چیست، اظهار کرد: «سعید امامی در زمان ما مدیر موفق و خوبی بود، اما بعدها و در شرایطی که دیگر در وزارت اطلاعات مسوولیتی نداشت، متهم شد که در پرونده قتل‌های زنجیره‌ای دست دارد.» وی در مورد ریشه قتل‌های زنجیره‌ای هم گفت: «این موضوع حادثه‌ای بود که یک سال و نیم بعد از خروج من از وزارت اطلاعات اتفاق افتاد و موجب تغییر وزیر اطلاعات وقت شد. انگیزه‌های فراوانی در مورد این پرونده مطرح شده، اما چیزی که ما از طریق مطبوعات و صحبت‌های محفلی به دست آوردیم این بود که زیاده روی‌های موجود در مطبوعات، گفته‌ها و... با عنوان آزادی علیه اسلام و دین... طوری بود که عده‌ای نتوانستند آن را تحمل کنند و با انجام حرکاتی می‌خواستند جلوی این حرف‌ها را بگیرند. در واقع اینها به حساب خودشان برخی از اشخاص را به دلیل صحبت‌هایی که مطرح کرده بودند، مرتد می‌دانستند و فکر می‌کردند اگر آنها را بزنند بقیه ساکت می‌شوند.» وی ادامه داد: «تاثیر این اتفاق روی دستگاه اطلاعاتی کشور خیلی بد بود. چون این کار چیزی بود که سیستم اطلاعاتی ما چنین کاری را انجام نمی‌دهد. ما در وزارت اطلاعات عملیات نداریم، اما این اتفاق توسط کسانی که در اطلاعات کار می‌کردند، باعث شد ضربه مهیبی به دستگاه اطلاعاتی کشور وارد شود. آنها این تحلیل را داشتند که افرادی که علیه دین، خدا و پیامبر صحبت کردند مرتد هستند و خودسرانه و بدون اینکه دستگاه قضایی در مورد آنها تصمیم بگیرد، وارد عمل شدند.»

وی در بخش دیگری از مصاحبه تلویزیونی خود در واکنش به این سوال که آیا فعالیت اقتصادی هم می‌کنید یا خیر گفت: «شأنیت من این نیست که وارد تجارت شوم اما چون مشکل کشور ما مسائل اقتصادی است باید اطلاعاتی در این زمینه داشته باشیم. یک فرصتی برای ما فراهم شد تا در مورد علت بحران اقتصادی دنیا تحقیق کنیم. من دو سال پیش در این تحقیقات متوجه شدم که اوضاع اقتصادی دنیا در حال به‌هم‌ریختگی است. وقتی این به‌هم‌ریختگی‌ها به وجود می‌آید سرمایه‌گذاران به سمت خرید طلا می‌روند. به همین دلیل من سخنرانی کردم و گفتم هرچه پول دارید بروید و طلا بخرید.»