در پی درگذشت حاج سیدمرتضی عسکری، حضرت آیت ا... خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیت صادر کردند.

متن پیام به این شرح است: «بسم ا... الرحمن‌الرحیم»

درگذشت محقق و نویسنده‌ عالیقدر مرحوم آیت‌ا... حاج سیدمرتضی عسکری رحمه ا...‌علیه را به‌علماء اعلام و حوزه‌های علمیه و شاگردان و ارادتمندان و بطور ویژه به خاندان مکرم و فرزندان محترم ایشان تسلیت می‌گویم.

این عالم بزگوار و سختکوش ده‌ها سال از عمر با برکت خود را در راه پژوهش در کلام و تاریخ و حدیث صرف کرد و محصول مبارک آن تالیفات و مقالاتی است که در گستره‌ جهان اسلام با استقبال و تحسین روبه‌رو شده‌است و در ترویج مکتب اهل بیت علیهم‌السلام موفقیت‌های ارزشمندی به دست آورده است. رحمت خدا بر آن دانشمند بلند همت و پرتلاش و خستگی‌ناپذیر.»

والسلام علیه و رحمه‌ا... سیدعلی خامنه‌ای ۲۷شهریورماه ۱۳۸۶