رییس‌جمهوری، با صدور دستورالعملی خطاب به معاون اول رییس‌جمهور، رییس سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور، وزیر کشور و استانداران سراسر کشور چگونگی الحاق سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی استان‌ها به استانداری‌ها را ابلاغ کرد. بر اساس این دستورالعمل که به استناد اصل ۱۲۶ قانون اساسی صادر شده، از آغاز سال ۸۶ سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی هر استان با همه پست‌های سازمانی، ردیف‌ها و اعتبارات به استانداری مربوطه منتقل و به نام معاونت برنامه‌ریزی استانداری شناخته می‌شود و وظایف برنامه‌ریزی و امور اقتصادی معاونت کنونی برنامه‌ریزی، اداری و مالی استانداری‌ها نیز به این معاونت منتقل خواهد شد. همچنین معاونت برنامه‌ریزی، اداری و مالی کنونی استانداری‌ها به معاونت اداری و مالی تبدیل می‌شوند.

روسای سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی استان‌ها نیز به پیشنهاد استاندار و با حکم وزیر کشور به عنوان معاون برنامه‌ریزی استاندار منصوب شده و انجام وظیفه خواهند کرد. متن کامل دستورالعمل رییس‌جمهور به این شرح است:

با عنایت به بررسی‌های انجام شده و متعاقب پیشنهاداتی که به استناد بند ۲دستورالعمل مورخ ۲۴مهر ۱۳۸۵در خصوص الحاق سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی استان‌ها به‌استانداری‌ها ارائه شده است و با استناد به اصل ۱۲۶ قانون اساسی مقرر می‌دارد:

۱ - از ابتدای سال ۱۳۸۶ سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی هر استان با همه پست‌های سازمانی، ردیف‌ها و اعتبارات به استانداری مربوطه منتقل شود. ۲ - روسای سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی استان‌ها به پیشنهاد استاندار و با حکم وزیر کشور به عنوان معاون برنامه‌ریزی استاندار منصوب و انجام وظیفه می‌نمایند.

۳ - کلیه اختیارات قانونی و حقوقی سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی استان مصرح در قوانین برنامه و سایر قوانین موضوعه و اجرای بودجه سنواتی (مبادله موافقتنامه‌ها، توزیع اعتبارات و...) به استانداری‌ها منتقل و استانداران به عنوان رییس شورای برنامه‌ریزی و توسعه استان مسوولیت پیشبرد اهداف و ماموریت‌های شورای برنامه‌ریزی و توسعه استان را به عهده خواهند داشت.

معاونین برنامه‌ریزی از طرف استانداران موظف به اجرای ماموریت‌های محوله خواهند بود.

۴ - وظایف برنامه‌ریزی و امور اقتصادی معاون فعلی برنامه‌ریزی، اداری و مالی استانداری‌ها به معاونت جدید منتقل و معاونت برنامه‌ریزی، اداری و مالی فعلی استانداری‌ها به معاونت اداری و مالی تبدیل می‌شوند.

۵ - ادارات و بخش‌های موازی در تشکیلات جدید تعریف و ادغام شوند.