در لایحه بودجه سال ۹۰ بودجه برخی سازمان‌ها و نهادهای دولتی در مقایسه با لایحه بودجه امسال تفکیک شده است. به گزارش ایسنا، به عنوان مثال در لایحه بودجه امسال اعتبارات مربوط به جهاد دانشگاهی جزوی از اعتبارات نهاد ریاست جمهوری بود، در حالی که در لایحه بودجه سال آینده اعتبارات این دو بخش تفکیک شده است. همچنین بودجه دانشگاه‌های علوم پزشکی سال گذشته جزو وزارت بهداشت و درمان محسوب شده بود؛ درحالی که امسال این ارقام جدا شده است و به همین دلیل امکان مقایسه بودجه امسال و سال آینده برخی نهادها و سازمان‌ها وجود ندارد. بر این اساس بودجه شورای نگهبان در لایحه بودجه سال آینده ۴۳ درصد افزایش داشته و به رقم ۳۹۶.۰۰۰ میلیون ریال رسیده است.

همچنین مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی با ۳۴ درصد افزایش بودجه رقمی معادل ۶۱.۲۵۲ میلیون ریال را به خود اختصاص داده است. مجلس شورای اسلامی با اختصاص ۱.۵۶۸.۶۳۶ میلیون ریال افزایش ۲۵ درصدی بودجه را تجربه می‌کند و دبیرخانه مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز با ۲۶۴.۶۲۴ میلیون ریال اعتبار افزایش۲۴ درصدی بودجه را داراست. نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران رقمی معادل ۲۷.۳۵۲.۰۷۵ میلیون ریال و افزایش ۱۸ درصدی اعتبارات در لایحه بودجه سال آینده را دارد. همچنین سازمان بازرسی کل کشور با افزایش ۱۶ درصدی اعتبارات در لایحه بودجه سال آینده روبه‌رو است. در ردیف بودجه نهاد ریاست جمهوری بخشی به عنوان هزینه‌های ضروری - کمک به اشخاص حقیقی و حقوقی خصوصی و دولتی وجود دارد که با رقم ۶۹۰.۱۰۰ میلیون ریال افزایش سه درصدی نسبت به لایحه بودجه سال قبل را نشان می‌دهد. در لایحه بودجه سال آینده اعتبارات مربوط به وزارت آموزش و پرورش تقریبا ثابت مانده، اما بودجه در نظر گرفته شده در ردیف مربوط به صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران با کاهش ۸۴ درصدی به ۱.۰۱۹.۷۲۱میلیون ریال رسیده است.