آیت‌الله محمد یزدی در گفت و گویی با هفته نامه پنجره درباره رابطه خود با هاشمی رفسنجانی و علی‌اکبر ناطق نوری گفت‌: ما رابطه‎مان با آقای هاشمی همیشه خوب بوده، البته اختلاف هم داشتیم؛ در حال حاضر، هم رابطه‎مان خوب است و اختلاف هم داریم. در مجلس هم که ایشان رییس بود و بنده نایب‎رییس، همیشه با هم اختلاف داشتیم. به ایشان می‌گفتم این روشنفکربازی‎ها اسمش اجتهاد نیست و آقای هاشمی می‌گفت مجتهدین گفته‌اند، اجتهاد مبنای خاصی دارد. البته نویسنده‌ای گفته که قضیه ما با لبخند حل می‌شود که این مطلب صحیح نیست؛ زیرا قضیه ما با ایشان حل شدنی نیست، آقای هاشمی یک نوع تفکری دارد و ما هم یک تفکر دیگر که ما روشش را نمی‌پسندیم و با خودش هم صحبت کرده‎ایم، ولی تخریبش را هم جایز نمی‌دانیم.

یزدی درباره ناطق نوری هم گفت‌: آقای ناطق امروز، غیر از آقای ناطق پنج سال پیش است، مثل آقای هاشمی که غیر از آقای هاشمی ۱۰ سال پیش است. و الان روش آقای ناطق نوری را تایید نمی‌کنم. زیرا بدون علت از دوستانش کناره‌گیری کرده، به‎خاطر یکسری مسائلی که جزئی است. محمد یزدی درباره اسفندیار رحیم مشایی رییس دفتر رییس جمهور و احتمال دیدار با او گفت‌: ما اصلا آقای مشایی را قبول نداریم که درخواست ملاقات بکند و در‌این جهت آقای احمدی‌نژاد در جلسه‌ای که آیت‌الله جنتی هم حضور داشت‌، درخواست کرده‌اند که بگذارید آقای مشایی بیاید و حرف‎هایش را شما بشنوید و آقای جنتی همان‎جا گفت: یعنی به ما تهمت ملاقات با فلانی بخورد؟ آقای مشایی ‌این ‎قدر پیش ما مردود است که حاضر نیستیم با وی ملاقات کنیم و در ‌این جهت، خودش برای ملاقات درخواستی نداشته. معلوم است که خود وی نیز می‌فهمد؛ بالاخره یک آدمی است که خود را رییس و همه کاره دفتر احمدی‌نژاد می‌داند. البته مشایی آدمی است که از پول و موقعیت استفاده می‌کند و بر‌این تصور است که با ‌این کارها می‌تواند رییس‌جمهوری آینده شود؛ بنده همین‎جا به شما می‌گویم، در‌ آینده اگر آقای مشایی به‎عنوان رییس‌جمهوری مطرح شود، اولین تشکلی که رسما و صریحا مخالفت خواهد کرد، جامعه مدرسین است و اگر بنده در قید حیات باشم، قطعا با‌این موضوع مخالفت خواهم کرد و به هر قیمتی که باشد موافقت نخواهیم کرد که آقای مشایی رییس‌جمهوری مملکت شود؛ ولی در حال حاضر‌ایشان در خیلی استان‌ها کارهایی را شروع کرده که خیلی‌ها از آن اطلاع دارند و در جریان هستند، درصدد رییس‌جمهوری شدن است.