مقام معظم رهبری در پی درگذشت علامه محمدحسین فضل‌ا... پیام تسلیتی صادر کردند. متن پیام به این شرح است: بسم ‌الله‌ الرحمن الرحیم

رحلت عالم مجاهد آیت الله آقای حاج سید محمدحسین فضل‌الله (رحمه الله علیه) را به بیت شریف فضل‌الله و همه ارادتمندان و دوستداران آن مرحوم در لبنان و جوامع لبنانی تبار در آفریقا و آمریکای لاتین و به عموم شیعیان لبنان تسلیت می‌گویم. این عالم بزرگوار و سخت کوش، در عرصه دین و سیاست، شخصیتی اثرگذار بود و لبنان تا سال‌های طولانی، خدمات و برکات او را از یاد نخواهد برد. مقاومت اسلامی لبنان که دارای حق عظیمی بر امت اسلامی است در همه عمر با برکت خود، مشمول حمایت و همکاری و کمک این روحانی مجاهد بود. ایشان همچنین برای جمهوری اسلامی یاوری با اخلاص و صمیمی به شمار می‌رفت و در همه دوران سی ساله همواره در زبان و عمل، وفاداری خود را به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی به اثبات رسانید. از خداوند متعال مسالت می‌کنم که رحمت و مغفرت خود را بر روح این سید شریف و عزیز نازل فرماید و او را با اجداد طاهرینش محشور نماید.