اجلاس هیات امنا و هیات موسس دانشگاه آزاد اسلامی به ریاست آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی و با حضور اعضای هیات‌های مذکور، در محل دفتر مجمع تشخیص مصلحت نظام، به طور جداگانه تشکیل شد. به گزارش ایلنا، در اجلاس هیات امنا ابتدا گزارش کمیسیون دائمی هیات امنا در مورد بودجه دانشگاه که از سال قبل بررسی شده بود، مطرح و بودجه سال ۱۳۸۹ دانشگاه پس از بحث و بررسی به تصویب هیات امنا رسید و مقرر شد مراتب برای تایید نهایی در هیات متولیان موقوفات دانشگاه مطرح شود. سپس هیات امنا مجوز تاسیس چند واحد جدید را براساس پیشنهاد دانشگاه آزاد اسلامی به تصویب رساند و مقرر شد مراتب برای تایید در دستور کار هیات موسس قرار گیرد. در جلسه هیات موسس نیز گزارش ثبت موقوفات دانشگاه و پیشرفت امور جاری آن به اطلاع اعضا رسید. در هر دو اجلاس، اساسنامه اخیرالتصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی در مورد دانشگاه آزاد اسلامی مطرح شد و با توجه به وجود اشکالات شرعی، قانونی و اجرایی در مصوبه مذکور و مغایرت آن با مفاد وقفنامه و اداره امور موقوفات دانشگاه و همچنین مغایرت‌های موجود در اساسنامه با قانون اساسی، قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی، اساسنامه الگو و آیین‌نامه مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی، مقرر شد با بهره‌گیری از راهکارهای قانونی برای رفع اشکالات مذکور، اقدام مقتضی به عمل آید.