علی مطهری درپاسخ به سوالی در خصوص اینکه چه تفکری شهید مطهری را به شهادت رساند، اظهار کرد:آن کسانی که ایشان را ترور کردند در واقع تفکرشان این بود که باید اسلام را باب طبع روز کنیم برای اینکه بهتر بتوانیم نسل جوان را جذب کنیم. آنها روحانیت را به عنوان کارشناس رسمی دین قبول نداشتند و خودشان را در شناخت اسلام خودکفا می‌دانستند.

به گزارش سایت مشرق نیوز، وی افزود: مثلا همین بحث مکتب ایرانی که آقای مشایی مطرح می‌کند، این خودش انحراف است و انحراف بزرگی هم هست. استدلال‌شان این است که چون از اسلام برداشت‌های مختلفی مثل برداشت القاعده و طالبان می‌شود، ما نباید از مکتب اسلام بگوییم بلکه باید از مکتب ایران و حداکثر از برداشت ایرانی از اسلام بگوییم، یا باید به جای اسلام از توحید و عدالت و آزادی و عشق به انسان‌ها بگوییم تا دنیا بپذیرد. همان کاری که آقای احمدی‌نژاد در نطق‌هایش انجام می‌دهد. این هم به شکلی باب طبع زمان کردن اسلام است.مطهری تصریح کرد: تفکر انحرافی را قبول دارم و می‌گویم ناشی از آقای مشایی است و آقای احمدی نژاد هم چون تحت تاثیر مشایی است در حال ترویج همان تفکر است.تفکر انحرافی وجود دارد ولی اینکه یک گروه انحرافی به عنوان حزب و جریان سیاسی وجود داشته باشد این چندان برای من روشن نیست، اما آن چیزی که مسلم است این است که یک تفکر انحرافی وجود دارد.