رییس مرکز پژوهش‌های مجلس با انتقاد شدید از اتفاقات اخیر در کشور همچون رد صلاحیت علی مطهری تحت عنوان عدم التزام به ولایت فقیه، دسته‌کشی به خانه علایی و قشون‌کشی به صداوسیما علیه افروغ گفت: هجمه‌هایی که این روزها به بهانه دفاع از ولایت فقیه پیش‌آمده نگران‌کننده است. احمد توکلی در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر تصریح کرد: در روزهای اخیر اتفاقاتی در کشور می‌افتد که در آستانه انتخابات کمی نگران‌کننده است. رییس مرکز پژوهش‌های مجلس گفت: هجمه‌هایی که این روزها به بهانه دفاع از نظام ولایت فقیه که افتخار فقه سیاسی اسلام است پیش آمده کمی نگران‌کننده است. نمونه اول قابل ذکر، مقاله سردار علایی و واکنش‌های متفاوت نسبت به آن است. وی با اظهار ناراحتی از مفاد این مقاله در عین حال اظهار کرد: دسته کشی و سلب آسایش و امنیت خانوادگی او نه لازم بود و نه مجاز و باعث لطمه به آبروی نظام بود.

وی درباره مواضع عماد افروغ در برنامه تلویزیونی «پارک ملت» و واکنش‌های صورت گرفته به آن گفت: این چه تنگ سینگی است که افروغ را با آن سوابق روشن در دفاع از نظام مترقی ولایت فقیه در دانشگاه‌ها و محافل روشنفکری به دلیل آنکه به استناد نهج‌البلاغه می‌گوید که همه ارکان قدرت محتاج نقد هستند، به باد حمله بگیریم؟ البته وقتی او می‌گوید همه باید نقد شوند، خودش نیز مشمول این حکم کلی است و باید نقد شود، ولی نقد با قشون‌کشی به صدا و سیما دو تا است.

توکلی تصریح کرد: من متن کامل سخنان و مصاحبه برنامه دکتر افروغ را خواندم و آن را مواضعی علمی و اسلامی یافتم و مشکلی در آن ندیدم، گرچه اگر مشکلی هم می‌داشت حق پرخاش و تظاهرات نداریم به ویژه در وضعیت فعلی، بحث علمی، جواب علمی می‌خواهد.