خبرگزاری فارس نوشت: آیت‌الله خزعلی با بیان اینکه به رییس‌جمهوری که همراه نایب امام زمان (عج) نباشد، علاقه‌ای ندارم، گفت که مشایی و بقایی، احمدی‌نژاد را از مسیر انقلاب منحرف کردند. وی در گفت‌وگویی با هفته‌نامه ۹ دی گفت: من به او [مشایی] گفتم: دو نفر هستند که دارند دوستان امام زمان را اذیت می‌کنند. گفتم یکی از آنها در تهران است و یکی در مشهد. مشایی به من گفت که من چه ‌کنم تا این موضوع برطرف شود، بعد هم هیچ کاری نتوانست بکند. فهمیدم این کاره نیست و بی‌خود می‌گوید. اتفاقا بعدا در جایی با هم روبه‌رو شدیم و گفتم، باز دیدم کاری نکرده. این مشایی و بقایی، احمدی نژاد را از آن مسیری که داشت، منحرف کردند. بقایی دشمن اهل علم است.

آیت‌الله خزعلی همچنین درباره نظر آیت‌الله مصباح درباره خاتمی و هاشمی گفت: چندین سال قبل من به آقای مصباح می‌گفتم که خاتمی خوب کار نمی‌کند. ایشان گفت: «خاتمی، سیئه من سیئات هاشمی» (خاتمی یکی از گناهان هاشمی است). تعبیر درست همین است.