شورای نگهبان، لایحه تشکیل وزارت امور زیربنایی را مغایر با اصل ۱۳۳ قانون اساسی خواند و اعلام کرد که به دلیل عدم ارائه شرح وظایف وزارتخانه مزبور، این مصوبه غیرقانونی خوانده شده است. به گزارش ایسنا، در متن نامه شورای نگهبان به مجلس در مورد لایحه تشکیل وزارت امور زیربنایی آمده است: «لایحه تشکیل وزارت امور زیربنایی مصوب جلسه ۱۱ خرداد ۱۳۹۰ مجلس در جلسه مورخ ۱۸ خرداد ۱۳۹۰ شورای نگهبان مورد بحث و بررسی قرار گرفت و نظر شورا به شرح زیر اعلام می‌شود: با توجه به عدم تعیین شرح وظایف نهایی وزارت امور زیربنایی در ماده (۱) و در نتیجه عدم امکان تعیین وزیر برای آن وزارتخانه، واگذاری مسوولیت تهیه شرح وظایف نهایی آن به وزیر امور زیر بنایی در ماده (۳)، مغایر با اصل ۱۳۳ قانون اساسی و نظریه تفسیری مربوط به آن شناخته شد.» دوهفته پیش، پس از آنکه نمایندگان مجلس به فوریت لایحه پیشنهادی دولت درباره ادغام وزارت راه و ترابری و وزارت مسکن و شهرسازی و تشکیل وزارت امور زیربنایی رای ندادند، کمیسیون اجتماعی مجلس در خواستار افزودن وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات به لایحه پیشنهادی دولت شد و پس از آن جزئیات ادغام سه وزارتخانه به تصویب مجلس رسید. اما بعد از این بود که واکنش‌های مختلفی نسبت به این اقدام صورت گرفت و از سوی نمایندگان اعلام شد که به زودی طرحی به صحن مجلس خواهد رفت که براساس آن و با اجرای ماده ۵۳ قانون برنامه پنجم وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات به‎صورت مستقل اداره خواهد شد.